事业单位员工超休假是否扣工资，需根据休假类型及单位规章制度综合判断。以下从不同休假类型及单位规章制度的角度，为你详细分析：
一、法定休假类型
法定节假日：
- 根据《劳动法》及相关规定，法定节假日是带薪休假，员工在法定节假日休假，单位不得扣减工资。
年休假：
- 员工依法享受年休假期间，单位应支付正常工资报酬。若单位因工作需要不能安排年休假，需按照员工日工资收入的300%支付年休假工资报酬，其中包含单位已支付员工正常工作期间的工资收入。因此，年休假期间单位不应扣减工资。
病假：
- 员工因病或非因工负伤休假，单位需根据员工实际工作年限和在本单位工作年限，给予一定期限的医疗期。医疗期内，单位应按照不低于当地最低工资标准的80%支付病假工资。病假期间单位扣减工资需符合当地最低工资标准规定，不能随意扣减。
婚假、产假、丧假等：
- 这些休假类型通常也是带薪的，单位在员工休假期间应支付正常工资报酬。除非单位规章制度有特别规定且符合法律法规，否则不得扣减工资。
二、单位规章制度
规章制度合法性：
- 单位制定的规章制度需符合法律法规规定，且经过民主程序制定并公示或告知员工。若规章制度违反法律法规或未经民主程序制定，则可能无效。
超休假扣减工资规定：
- 若单位规章制度中明确规定了超休假扣减工资的具体情形和标准，且该规定符合法律法规要求，则单位可以按照规章制度执行。但扣减工资的标准需合理，不能违反法律法规的强制性规定。
员工知情权：
- 单位在制定或修改规章制度时，应充分听取员工意见，并通过适当方式公示或告知员工。员工有权了解单位规章制度的内容，并对自己的权益受到侵害时提出异议。
三、实际操作建议
了解单位规章制度：
- 员工在休假前应了解单位规章制度中关于休假及工资支付的规定，确保自己的权益不受侵害。
保留相关证据：
- 若单位在员工休假期间扣减工资，员工应保留相关证据（如工资条、休假申请单、单位规章制度等），以便在发生争议时维护自己的权益。
及时沟通协商：
- 若员工对单位扣减工资的行为有异议，应及时与单位沟通协商，寻求解决方案。若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
总结来说，事业单位员工超休假是否扣工资，需根据休假类型及单位规章制度综合判断。在大多数情况下，法定休假类型是带薪的，单位不得扣减工资。若单位规章制度中有特别规定且符合法律法规要求，则可能按照规章制度执行。但无论如何，扣减工资的标准都需合理且符合法律法规的强制性规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。