关于“赔偿承包耕地经营权是否合法”的问题，结论需分情况讨论，具体如下：
1. 合法情形：基于法定或约定补偿
- 法律依据：根据《民法典》第三百三十八条，承包地被征收的，土地承包经营权人有权依法获得相应补偿。若因公共利益（如修路、建学校）导致耕地被征收，政府或用地单位需按法定标准赔偿经营权损失（包括土地补偿费、安置补助费等）。
- 约定补偿：若承包合同中明确约定了因第三方原因导致经营权受损的赔偿条款（如污染、占用），且赔偿内容不违反法律强制性规定，则按合同约定执行。
- 示例：某村因修建高速公路征收耕地，政府按《土地管理法》规定向承包户支付了土地补偿费和青苗补偿费，此行为合法。
2. 可能违法情形：无依据的“赔偿”要求
- 无权主张赔偿：若承包户未经法定程序（如未签订征收协议、未评估损失）或无合同依据，单方面要求第三方赔偿经营权损失，可能因缺乏法律依据被驳回。
- 非法转让经营权：若承包户以“赔偿”为名，实际是变相转让耕地经营权（如收取高额“赔偿费”后允许他人长期使用土地），可能违反《农村土地承包法》第三十六条关于禁止非法转让承包地的规定。
- 示例：甲承包户因邻居建房遮挡阳光影响作物生长，要求邻居“赔偿经营权损失”，但无法提供损失评估报告或合同依据，法院可能不予支持。
3. 特殊情形：侵权赔偿
- 第三方侵权：若耕地经营权受损是因第三方侵权行为（如污染、破坏土地），承包户可依据《民法典》第一千一百六十五条要求侵权人赔偿实际损失（包括恢复土地的费用、减产损失等）。
- 示例：乙工厂排放废水导致丙承包的耕地盐碱化，丙可委托评估机构计算损失，并起诉乙工厂要求赔偿。
法律建议
- 核实赔偿依据：先确认赔偿要求是否有法律依据（如征收补偿、侵权赔偿）或合同依据，避免盲目主张。
- 保留证据：若因第三方行为受损，及时固定证据（如照片、评估报告、证人证言），以便后续维权。
- 协商或诉讼：优先通过协商解决；协商不成，可向农村土地承包仲裁委员会申请仲裁，或直接向法院起诉。
如有具体案情（如是否涉及征收、侵权主体等），可进一步向我咨询，我会结合细节提供更精准的分析。