若员工并不知情公司违法运作，一般不直接处罚员工，但若员工知情且参与其中，可能面临行政处罚、刑事处罚以及公司内部处罚，具体如下：
行政处罚：
- 如果员工在公司违法运作中扮演了一定角色，如协助实施违法行为，根据违法行为的性质和严重程度，员工可能会受到行政机关的处罚。这可能包括罚款、没收违法所得、责令停业整顿、吊销执照等。例如，在税务违法案件中，协助公司逃税的员工可能会被税务机关处以罚款。
刑事处罚：
- 如果公司违法运作构成犯罪，如诈骗、非法集资、走私等，且员工知情并参与了犯罪行为，那么员工可能会面临刑事指控。根据犯罪的性质和情节严重程度，员工可能会被判处有期徒刑、拘役、罚金等刑罚。例如，在非法集资案件中，积极参与集资活动的员工可能会因非法吸收公众存款罪或集资诈骗罪被判刑。
公司内部处罚：
- 除了法律处罚外，公司还可能根据内部规章制度对涉事员工进行处罚。这可能包括警告、记过、降职、解雇等。公司内部处罚的目的是维护公司秩序和纪律，防止类似违法行为再次发生。
在处理此类情况时，还需考虑以下因素：
- 员工的知情程度：员工是否知道公司的违法运作是关键。如果员工完全不知情，且没有从中获利，那么他们通常不会受到处罚。但如果员工知情并参与了违法行为，那么他们将面临相应的法律责任。
- 员工的参与程度：员工在违法运作中的角色和贡献也是决定处罚轻重的重要因素。如果员工只是被动执行上级的命令，且没有直接从中获利，那么他们的处罚可能会相对较轻。但如果员工是违法运作的主要策划者或执行者，那么他们将面临更严厉的处罚。
- 法律法规的具体规定：不同领域的法律法规对公司违法运作的处罚规定可能有所不同。因此，在处理具体案件时，需要仔细研究相关法律法规，确保处罚的合法性和合理性。
建议：作为员工，如果发现公司存在违法运作的情况，应立即向相关部门报告，并避免参与任何违法行为。如果已经参与了违法行为，应尽快向法律专业人士咨询，了解自己的法律责任和可能的处罚，并积极配合相关部门的调查和处理工作。
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