核心结论：总包合同按定额结算而桩基按米结算导致亏损时，可通过合同审查、协商谈判、法律途径维权、优化管理等方式应对，具体需结合合同条款和实际情况选择合适策略。以下是详细分析：

1. 合同审查与条款分析

• 定额结算与按米结算的冲突：首先需审查总包合同和桩基分包合同（或补充协议）的条款，确认两种结算方式是否明确约定且无冲突。若合同中未明确约定桩基部分按米结算，或总包合同已涵盖桩基工程但未排除定额结算，可主张按总包合同约定执行。
• 风险分担条款：检查合同中是否有关于“市场波动风险”“工程量变更风险”等条款。若桩基按米结算导致亏损是由于设计变更、地质条件变化等不可预见因素，可依据合同约定或《民法典》第533条（情势变更原则）主张调整合同价款。

2. 协商谈判与补充协议

• 与发包方协商：若亏损是由于发包方要求桩基按米结算（而总包合同未明确排除），可尝试协商调整结算方式或补偿差价。例如，提供定额结算与按米结算的差价分析报告，说明亏损原因及合理性。
• 与分包方协商：若桩基工程已分包给第三方，且分包合同约定按米结算，可与分包方协商分担亏损（如共同承担材料价格波动风险），或通过优化施工方案降低成本。

3. 法律途径维权

• 主张合同无效或可撤销：若桩基按米结算的条款存在重大误解、显失公平（如单价远低于市场价）或欺诈情形，可依据《民法典》第147-151条主张撤销或变更合同。
• 诉讼或仲裁：若协商无果，可向法院起诉或依据合同约定申请仲裁，要求发包方或分包方补偿亏损。需准备充分证据，包括合同、结算单、成本分析报告、市场价调查等。

4. 优化管理与成本控制

• 内部管理改进：加强项目成本管理，例如优化施工工艺、减少材料浪费、提高劳动效率，以降低实际成本。
• 风险预警机制：未来项目中，建议在合同中明确约定结算方式（如“桩基工程按定额结算，但单价可随市场波动调整”），并设置风险分担条款（如“材料价格波动超过±5%时，双方按比例分担”）。

5. 特殊情形处理

• 固定总价合同：若总包合同为固定总价且明确排除桩基按米结算，发包方强行要求按米结算可能构成违约，可拒绝并要求按合同执行。
• 政府审计或第三方审核：若项目涉及政府投资，需关注审计结论对结算方式的影响。若审计机构认定桩基按米结算不合理，可据此主张调整。

行动建议：

1. 立即整理所有合同文件、结算单据及成本证据；
   
2. 评估亏损金额及原因，制定协商或诉讼策略；
   
3. 优先通过协商解决，降低时间成本；
   
4. 若协商无果，及时委托律师介入，避免错过诉讼时效。
   

如有进一步问题或需具体方案，可直接向我咨询。