档案中工作两个单位工作时间重叠，需根据具体情况采取不同处理方式，核心结论如下：

1. 核实档案记录的真实性
   首先需确认档案中记录的工作时间重叠是否属实。若因档案录入错误（如单位人事部门疏忽、信息传递失误等）导致时间重叠，应立即联系原单位人事部门，提供劳动合同、社保缴纳记录、工资发放凭证等证明材料，要求更正档案信息。若单位拒绝更正，可向当地人社局档案管理部门申请行政复议或提起行政诉讼。

2. 区分“名义重叠”与“实际重叠”

   • 名义重叠但实际未同时任职：若劳动者与两家单位签订劳动合同的时间存在重叠，但实际未同时履行工作职责（如前一份工作已离职但未及时办理手续，后一份工作已入职），需收集离职证明、工作交接单、考勤记录等证据，证明实际工作时间的连续性，避免被认定为“双重劳动关系”。
     
   • 实际同时任职：若劳动者确实同时与两家单位建立劳动关系（如兼职、非全日制用工等），需符合《劳动合同法》第六十九条关于“非全日制用工双方当事人可以订立口头协议”或“从事非全日制用工的劳动者可以与一个或者一个以上用人单位订立劳动合同”的规定。但需注意，若全日制用工中同时与多家单位建立劳动关系，可能因违反忠诚义务被单位解除合同，且社保缴纳、工伤责任等可能存在纠纷。

3. 处理社保与工龄认定问题

   • 社保缴纳：若两家单位同时为劳动者缴纳社保，需与社保部门沟通，提供劳动关系证明材料，申请退还重复缴纳部分或调整缴费基数。若因单位过错导致社保断缴或重复缴纳，可要求单位承担赔偿责任。
     
   • 工龄认定：工龄计算通常以实际缴纳社保或签订劳动合同的时间为准。若档案中工作时间重叠影响工龄认定，需向人社局提供劳动合同、工资单、社保记录等材料，申请重新核定工龄。

4. 法律风险防范

   • 对劳动者：签订劳动合同时应明确约定工作时间、离职手续办理流程，避免因时间重叠引发纠纷。若需兼职，应与原单位协商一致，并确保符合非全日制用工条件。
     
   • 对用人单位：入职审查时应核实劳动者前一段工作的离职时间，避免因时间重叠被认定为“违法用工”。若发现劳动者存在双重劳动关系，可依据《劳动合同法》第三十九条解除合同，但需保留相关证据。

建议：若档案中工作时间重叠问题复杂，或涉及社保、工伤、经济补偿等纠纷，可提供具体材料（如劳动合同、社保记录、工资单等），我将进一步分析法律风险并制定解决方案。