员工因违反公司规定被罚款时，确实享有申诉的权利，这是维护自身合法权益的重要途径。以下是对此问题的详细解答：
一、法律层面的分析
劳动法律法规：
- 根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。若公司对员工进行罚款缺乏法定依据或未经法定程序，则构成对劳动者工资的克扣，员工有权依法维权。
- 企业通常不具备行政处罚权，除非有特定行业法律授权。因此，企业对员工的罚款行为，在缺乏法律依据的情况下，员工可以提出异议。
申诉途径：
- 与单位协商：员工可以首先尝试与公司进行沟通协商，了解罚款的具体原因和依据，寻求双方都能接受的解决方案。
- 调解：若协商无果，员工可以向企业内部的劳动争议调解委员会申请调解，由调解委员会介入处理，帮助双方达成和解。
- 仲裁：若调解仍无法解决问题，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，提供证据支持自己的主张，由仲裁委员会作出裁决。
- 诉讼：对仲裁结果不满的员工，还可以向人民法院提起诉讼，通过司法途径维护自己的合法权益。
二、企业规章制度层面的分析
规章制度的合法性与合理性：
- 公司制定的规章制度必须符合法律法规，内容需合理。过于苛刻或不合理的罚款规定，如高额迟到罚款，员工可以主张其无效。
- 规章制度应明确罚款标准和程序，确保员工在违规前能清晰了解可能面临的后果，以便员工进行自我约束和申诉准备。
申诉程序：
- 内部申诉：员工可以按照企业内部规定的申诉程序进行申诉，如向上级主管、人力资源部门或申诉委员会提出。
- 公司应对员工的申诉进行调查处理，并给予合理答复。若公司未设立有效申诉渠道或未及时处理申诉，员工可以转向外部途径进行申诉。
三、申诉时的注意事项
- 了解罚款原因：员工在申诉前应明确罚款的具体原因，以便为后续申诉提供有力依据。
- 核查罚款依据：员工应检查公司是否有明确的规章制度作为罚款依据，并确认该规章制度是否合法合理。
- 保留证据：员工应妥善保存罚款通知、劳动合同、工资条等相关证据，以备申诉时使用。
- 咨询专业律师：在申诉过程中，如遇复杂法律问题，员工可以咨询专业律师获取法律建议和支持，以确保自身权益得到有效维护。
四、特殊情况说明
在特定行业或工作环境中，如金融、化工、矿山等，基于安全生产、合规运营等重要考量，公司可能制定罚款措施。这些措施在一定范围内被认可，但必须有明确的制度依据和合理的限度。若员工认为罚款不合理或不合法，仍可通过上述途径进行申诉。
综上所述，员工因违反规定被罚款时，享有充分的申诉权利。在申诉过程中，员工应了解相关法律法规和企业规章制度，遵循正确的申诉途径，并注意保留证据和咨询专业律师，以确保自身权益得到有效维护。