结论：正常休息不算全勤是否合理，需根据具体情况判断，包括公司规章制度、劳动合同约定以及休息的性质（法定休息日还是调休等）。以下从不同角度进行分析：
一、公司规章制度与劳动合同的约定
规章制度合法性：
- 公司规章制度中关于全勤的定义和计算方式，应当符合法律法规的规定，且经过民主程序制定并公示或告知劳动者。如果规章制度中明确规定正常休息不算全勤，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照此规定执行是合法的。
劳动合同约定：
- 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确约定了全勤的定义和计算方式，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么双方应当按照劳动合同的约定执行。如果劳动合同中未明确约定，则应参照公司规章制度或行业惯例。
二、休息的性质
法定休息日：
- 根据《劳动法》的规定，劳动者享有休息休假的权利。法定休息日（如周末、法定节假日）是劳动者依法应享有的休息时间，不计入工作时间，也不应影响全勤的评定。如果公司因法定休息日而扣除全勤，可能涉嫌违法。
调休或年假：
- 如果劳动者因调休或年假而休息，这通常被视为劳动者依法享有的福利，不应影响全勤的评定。然而，如果公司规章制度或劳动合同中明确规定调休或年假期间不算全勤，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照此规定执行也是合法的。但这种情况较为少见，且可能引发劳动者的不满和争议。
三、可能的法律后果与建议
法律后果：
- 如果公司因正常休息而扣除全勤，且该做法违反了法律法规的强制性规定或劳动合同的约定，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司补发全勤工资或赔偿损失。
建议：
- 劳动者：首先应仔细阅读公司规章制度和劳动合同，了解全勤的定义和计算方式。如果认为公司的做法不合理或违法，可以与公司协商解决；协商无果的，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 公司：应确保公司规章制度和劳动合同的合法性和合理性，避免侵犯劳动者的合法权益。在制定全勤政策时，应充分考虑劳动者的休息休假权利，确保政策的公平性和可持续性。
举例说明：假设某公司规章制度中规定，全勤是指劳动者在一个月内无迟到、早退、旷工且未请事假、病假等缺勤情况。如果劳动者在周末（法定休息日）休息，而公司因此扣除全勤，那么该做法可能涉嫌违法，因为周末是劳动者依法应享有的休息时间。此时，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
进一步思考：在实际操作中，全勤的评定往往与公司的考勤管理制度密切相关。因此，建议公司在制定考勤管理制度时，应充分考虑劳动者的实际情况和合法权益，确保制度的公平性和合理性。同时，劳动者也应增强自我保护意识，及时了解并维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。