关于员工赔付公司的违约金计算问题，这主要涉及到《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，并且需要区分不同情形来具体分析。以下是我为您提供的详细解答：

一、劳动者向公司支付违约金的情况

1. 违反服务期约定

   • 法律依据：根据《劳动合同法》第二十二条，如果用人单位为劳动者提供了专项培训费用，并进行了专业技术培训，同时与劳动者约定了服务期，那么劳动者在违反服务期约定时，需要按照约定向公司支付违约金。
   • 限额规定：违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，并且不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。这意味着，违约金的计算是基于实际提供的培训费用和未履行的服务期比例来确定的。

2. 违反竞业限制约定

   • 法律依据：同样根据《劳动合同法》第二十三条，对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或保密协议中约定竞业限制条款，并支付经济补偿。如果劳动者违反了竞业限制约定，需要按照约定向公司支付违约金。
   • 注意事项：违约金的数额应由双方协商确定，但必须遵循公平、合理原则，并且不得违反法律法规的强制性规定。如果违约金过高或过低，可能会受到法律的调整。

二、违约金计算的具体方法

• 服务期违约金：通常，违约金的计算会结合劳动者因违反服务期约定而给公司造成的实际损失来确定。这可能包括公司为培训员工所支付的费用、因员工离职而导致的业务中断损失等。具体赔偿金额可能会由劳动仲裁机构或法院根据实际情况进行判定。
• 竞业限制违约金：如果双方有明确的约定，则按照约定执行。如果没有约定，则可能会综合考虑经济补偿标准、用人单位的获益情况、劳动者的损失情况等因素来确定违约金的数额。

三、特殊情况说明

• 公司违约时：如果公司违反了与劳动者的约定（如违反服务期或竞业限制约定），公司可能需要向劳动者支付违约金或赔偿金。这种情况下，违约金的计算方式通常与劳动者违约时的计算方式类似，但具体规定可能因情况而异。
• 民商事合同中的违约金：如果员工与公司之间的纠纷不属于劳动法律范畴，而是属于民商事合同范畴（如员工作为公司代表签订的合同），那么违约金的计算将依据《民法典》等民事法律的规定进行。

四、建议

• 明确约定：在签订劳动合同时，双方应明确约定违约条款，包括违约金的数额或计算方法，以确保合同的合法性和有效性。
• 咨询专业律师：如果遇到违约金纠纷或不确定如何计算违约金，建议及时咨询专业律师或法律顾问的意见，以确保自身权益得到有效保护。

综上所述，员工赔付公司的违约金计算是一个复杂而细致的过程，需要根据不同情况和法律规定来具体确定。希望以上解答能为您提供有益的参考和指导。