结论：就业协议中公司要求上级主管部门盖章，但企业又在其他地方加盖了企业公章，这一行为在法律上通常不会产生负面影响，但具体还需根据协议内容、盖章位置及双方约定等因素综合判断。
分析说明：
公章的法律效力：
- 企业公章是企业对外进行法律行为的重要凭证，具有法律效力。在就业协议上加盖企业公章，通常意味着企业对该协议内容的认可和承诺。
- 如果上级主管部门也要求盖章，这可能是出于企业内部管理或审批流程的需要。上级主管部门的盖章可以视为对企业与员工之间就业协议的一种额外确认或备案。
盖章位置与协议内容：
- 盖章的位置通常不会影响公章的法律效力，但可能会影响协议的解释和执行。如果协议中明确规定了盖章的位置或方式，双方应遵循约定。
- 如果协议中没有明确规定盖章位置，且加盖企业公章并未违反法律法规或协议内容，那么这一行为通常是有效的。
双方约定与实际履行：
- 就业协议是双方自愿达成的协议，其内容应明确、具体，并符合法律法规的规定。如果双方在协议中明确约定了需要上级主管部门盖章，那么企业应履行这一约定。
- 然而，如果企业已经在协议上加盖了公章，并且这一行为并未违反双方约定或法律法规，那么即使上级主管部门未盖章或企业在其他地方又加盖了公章，也不会影响协议的效力。
可能的法律后果：
- 如果加盖企业公章的行为违反了双方约定或法律法规，可能会导致协议无效或部分无效，甚至可能引发法律纠纷。
- 但在此情况下，由于加盖企业公章通常不会违反法律法规，且如果协议内容合法、双方自愿，那么这一行为通常不会产生负面法律后果。
行动建议：
- 审查协议内容：首先，建议仔细审查就业协议的内容，特别是关于盖章的约定。如果协议中有明确规定，应遵循约定执行。
- 沟通确认：如果对盖章位置或方式有疑问，建议与上级主管部门或企业进行沟通确认，以确保协议的合法性和有效性。
- 保留证据：在签订就业协议时，建议保留好相关证据，如协议原件、盖章记录等，以备不时之需。
特殊场景：
- 如果就业协议中明确规定了必须由上级主管部门盖章，而企业未履行这一约定，但又在其他地方加盖了企业公章，这可能会引发关于协议效力的争议。在此情况下，建议根据协议内容、双方约定及实际履行情况，通过协商、调解或诉讼等方式解决争议。
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