核心结论：就业三方协议中，用人单位上级主管部门意见栏盖了用人单位的章，一般来说，这并不符合协议设计的常规要求，可能会对协议的效力及后续履行产生一定影响，但具体影响需结合实际情况判断。以下从不同角度进行分析：

1. 协议效力角度：

   • 就业三方协议通常涉及毕业生、用人单位和学校三方，旨在明确三方的权利和义务。其中，用人单位上级主管部门意见栏的设置，往往是为了确保用人单位的决策得到上级或相关管理部门的认可，从而保障协议的合法性和有效性。
   • 如果该栏盖了用人单位的章，而非其上级主管部门的章，可能意味着该协议未得到上级主管部门的正式认可。在极端情况下，如果用人单位的上级主管部门对此持有异议，可能会影响协议的最终效力。但通常情况下，只要用人单位本身具有签订协议的资格和权限，且协议内容合法合规，这一瑕疵可能不会直接导致协议无效。

2. 协议履行角度：

   • 从协议履行的角度来看，用人单位上级主管部门的意见可能涉及到用人单位的内部决策流程、资金安排、人事调动等方面。如果协议中未得到上级主管部门的正式认可，可能在后续履行过程中遇到障碍，如资金不到位、人事变动等，从而影响毕业生的就业权益。
   • 然而，如果用人单位在签订协议时已经获得了足够的内部授权，且能够确保协议的顺利履行，那么上级主管部门意见栏的盖章问题可能不会对协议履行产生实质性影响。

3. 法律建议：

   • 对于毕业生：在签订就业三方协议时，应仔细审查协议内容，特别是用人单位上级主管部门意见栏的盖章情况。如果发现该栏盖的是用人单位的章而非其上级主管部门的章，应及时与用人单位沟通，了解原因并寻求解决方案。必要时，可以要求用人单位提供上级主管部门的书面认可或补充协议。
   • 对于用人单位：应严格按照协议设计的常规要求填写和盖章，确保协议的合法性和有效性。如果确实无法获得上级主管部门的盖章，应及时与毕业生和学校沟通，说明情况并寻求理解。同时，应确保自身具有签订协议的资格和权限，并能够确保协议的顺利履行。

特殊情况说明：如果用人单位本身没有上级主管部门（如某些私营企业、外资企业等），或者其上级主管部门已经以其他方式（如书面函件、电子邮件等）对协议表示了认可，那么用人单位上级主管部门意见栏的盖章问题可能不会对协议产生实质性影响。在这种情况下，建议用人单位和毕业生在协议中注明相关情况，以避免后续纠纷。

总之，就业三方协议中用人单位上级主管部门意见栏的盖章问题需结合实际情况判断。如果有任何疑问或担忧，建议直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。