结论：在合同没有约定且未经建设单位认可的情况下，具体处理方式需根据合同类型、实际履行情况以及相关法律法规来综合判断。以下是从不同角度进行的分析和建议。
一、合同类型与条款缺失的影响
建设工程合同的基本性质：
- 建设工程合同通常属于要式合同，即需要采用书面形式，并明确约定双方的权利和义务。若合同中未对某些关键事项（如工程变更、价款调整等）进行约定，则可能引发争议。
条款缺失的法律后果：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。若仍无法确定，则适用法定规则。
二、未经建设单位认可的处理方式
工程变更未经认可：
- 若在施工过程中发生了工程变更，但未经建设单位认可，施工单位可能面临无法获得相应工程价款的风险。因为工程变更通常需要建设单位的书面确认，作为结算的依据。
- 建议：施工单位应及时与建设单位沟通，就工程变更事项达成书面协议，明确变更内容、价款及支付方式等，以避免后续争议。
其他事项未经认可：
- 对于合同中未约定且未经建设单位认可的其他事项（如材料更换、工期延长等），同样可能引发争议。
- 建议：施工单位在采取任何行动前，应尽可能与建设单位进行协商，并取得书面同意。若无法及时取得书面同意，也应保留好相关证据（如沟通记录、现场照片等），以证明变更的合理性和必要性。
三、法律救济途径
协商与调解：
- 在发生争议时，双方应首先尝试通过协商和调解来解决。这有助于维护双方的合作关系，并降低解决争议的成本。
仲裁或诉讼：
- 若协商和调解无果，双方可以根据合同中的仲裁条款或事后达成的仲裁协议，向约定的仲裁机构申请仲裁。若合同中没有仲裁条款或事后未达成仲裁协议，则任何一方均有权向人民法院提起诉讼。
- 注意：在仲裁或诉讼过程中，双方需要提供充分的证据来支持自己的主张。因此，施工单位在平时应注重收集和保存相关证据。
四、风险防范建议
完善合同条款：
- 在签订合同时，双方应尽可能明确约定各项条款，包括工程范围、工期、价款、变更程序等，以减少后续争议的可能性。
加强沟通与协调：
- 在施工过程中，双方应保持密切的沟通与协调，及时就变更事项达成一致意见，并形成书面记录。
注重证据收集：
- 施工单位应注重收集和保存与工程变更、价款调整等相关的证据，以备不时之需。
五、特殊情况下的处理
- 若因不可抗力或其他非双方原因导致合同无法履行或需要变更的，双方应根据实际情况协商解决，并可能涉及合同解除、价款调整等法律问题。此时，应依据相关法律法规和合同约定来处理。
总结与建议：在合同没有约定且未经建设单位认可的情况下，施工单位应谨慎行事，尽可能与建设单位进行协商并取得书面同意。同时，应注重收集和保存相关证据，以备后续争议解决之需。若发生争议，双方应首先尝试通过协商和调解来解决；若无法解决，则可根据合同约定或法律规定选择仲裁或诉讼途径。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。