建设单位未确定施工单位即自行施工属于违法行为，应当立即停止施工，并依法承担相应的法律责任。以下从不同角度详细分析这一问题的处理方式：

一、法律定性

根据《中华人民共和国建筑法》第二十二条：“建筑工程实行招标发包的，发包单位应当将建筑工程发包给依法中标的承包单位。建筑工程实行直接发包的，发包单位应当将建筑工程发包给具有相应资质条件的承包单位。”
建设单位未通过合法程序确定施工单位（如未招标或未直接发包给有资质的单位）即擅自施工，属于违法发包行为，可能面临行政处罚、民事赔偿甚至刑事责任。

二、行政处理

1. 责令改正
   住房和城乡建设主管部门（如住建局）有权责令建设单位立即停止施工，限期改正违法行为。若拒不改正，可能面临更高额度的罚款或强制措施。

2. 罚款
   根据《建筑法》第六十五条，对未取得施工许可证擅自施工的，可处工程合同价款1%以上2%以下的罚款；对单位直接负责的主管人员和其他责任人员，处单位罚款数额5%以上10%以下的罚款。

3. 资质处罚
   若建设单位存在其他违法行为（如挂靠、转包），可能被降低资质等级、吊销资质证书，甚至列入建筑市场主体“黑名单”。

三、民事责任

1. 合同无效风险
   若建设单位与实际施工方签订的合同因违反法律强制性规定（如未招标）被认定无效，双方需根据过错承担损失。例如，建设单位可能需赔偿施工方因合同无效导致的合理损失（如材料费、人工费）。

2. 工程质量责任
   若施工过程出现质量问题，建设单位作为责任主体需承担修复、赔偿等责任，且可能因违法施工导致保险理赔受阻。

四、刑事风险

若施工行为导致重大安全事故（如坍塌、人员伤亡），建设单位直接负责的主管人员和其他责任人员可能构成《刑法》第一百三十七条规定的工程重大安全事故罪，面临五年以下有期徒刑或拘役，并处罚金。

五、处理建议

1. 立即停止施工
   建设单位应第一时间停工，避免违法状态持续扩大。

2. 补办合法手续
   若项目符合招标条件，应依法组织招标；若可直接发包，需选择有资质的施工单位并签订书面合同。

3. 主动接受监管
   向当地住建部门报告情况，配合调查并缴纳罚款，争取从轻或减轻处罚。

4. 完善内部管理
   建立合规审查机制，确保未来项目严格遵守《建筑法》《招标投标法》等规定。

温馨提示：建设单位在项目启动前务必确认施工单位的合法资质及发包程序的合规性，避免因程序瑕疵导致法律风险。如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。