结论概述：公司股东签订股权代持协议后，代持人出资的原值能否扣除，这主要取决于代持协议的具体约定、出资的性质以及税务处理等多个方面。以下将从不同角度进行详细分析。

一、代持协议的具体约定

1. 协议内容：股权代持协议是股东与代持人之间就股权代持事宜达成的书面协议。协议中应明确约定双方的权利义务，包括出资的义务、股权的归属、收益的分配等。如果协议中明确约定了代持人出资的原值在特定条件下可以扣除或返还，那么应当遵循协议的约定。

2. 法律效力：股权代持协议在双方自愿、平等、公平的基础上签订，且不违反法律法规的强制性规定，通常具有法律效力。因此，协议中的约定对双方均具有约束力。

二、出资的性质

1. 实际出资：如果代持人实际出资了原值，且该出资被用于公司的运营或发展，那么该出资通常被视为公司的资本金。在这种情况下，代持人出资的原值一般不能直接扣除，因为它已经成为了公司资产的一部分。

2. 名义出资：如果代持人只是名义上的出资人，而实际出资人另有其人，且代持人并未实际出资或出资并非其自有资金，那么代持人出资的原值扣除问题可能涉及虚假出资或抽逃出资等违法行为，需要谨慎处理。

三、税务处理

1. 税务法规：根据税务法规的相关规定，股东出资形成的股权在转让时可能需要缴纳所得税。如果代持人出资的原值在税务上被视为股东的出资成本，那么在股权转让时，该原值可能作为计算所得税的基数之一。但具体能否扣除，还需根据税务法规的具体规定和税务机关的认定来确定。

2. 税务筹划：在股权代持和转让过程中，合理的税务筹划可以降低税务成本。例如，通过合理的协议安排和税务申报，可以确保代持人出资的原值在税务上得到合理处理，避免不必要的税务风险。

四、实际操作建议

1. 明确协议条款：在签订股权代持协议时，应明确约定代持人出资的原值能否扣除、如何扣除以及扣除的条件等条款，以避免后续纠纷。

2. 保留相关证据：代持人应保留好出资的相关证据，如转账记录、收据等，以证明其实际出资的情况。

3. 咨询专业意见：在涉及复杂的股权代持和税务问题时，建议咨询专业的律师或税务师，以确保合法合规地处理相关问题。

五、可能存在的法律风险

1. 虚假出资风险：如果代持人并未实际出资或出资并非其自有资金，而只是名义上的出资人，那么可能涉及虚假出资的法律风险。

2. 抽逃出资风险：如果代持人在出资后未经合法程序将出资抽回，可能构成抽逃出资的违法行为。

3. 税务违法风险：如果代持人出资的原值在税务处理上存在不当行为，如虚假申报、偷逃税款等，可能面临税务机关的处罚。

总结与建议：公司股东签订股权代持协议后，代持人出资的原值能否扣除是一个复杂的问题，需要综合考虑代持协议的具体约定、出资的性质以及税务处理等多个方面。为了确保合法合规地处理相关问题，建议明确协议条款、保留相关证据并咨询专业意见。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。