针对您提出的“连锁店营业执照都不同，怎么诉讼呢”这一问题，我理解您的核心困惑在于：当连锁店各自拥有独立的营业执照时，如何在法律诉讼中确定被告主体以及如何进行诉讼操作。以下是我从多个角度为您详细分析的解答：

1. 确定诉讼主体：

   • 独立法人实体：如果每家连锁店都是独立的法人实体（如有限责任公司或股份有限公司），那么每家店都可以作为独立的被告。在提起诉讼时，您需要明确指出每家店的名称、注册地址、法定代表人等信息，并分别或共同将它们列为被告。
   • 分支机构：如果连锁店是某公司的分支机构，且不具备独立法人资格，那么通常应以总公司为被告。但在此情况下，如果分支机构有独立的营业执照，且该分支机构的行为与诉讼有关，您也可以考虑将分支机构和总公司列为共同被告。
   • 特许经营或加盟关系：在特许经营或加盟模式下，各连锁店可能使用相同的品牌但各自独立经营。此时，如果诉讼涉及特定连锁店的行为，应以该店为被告；如果涉及品牌整体或特许经营协议的问题，则可能需要考虑将特许人（品牌所有者）也列为被告。

2. 诉讼策略与准备：

   • 收集证据：无论选择哪家店或哪些店作为被告，都需要收集充分的证据来支持您的诉讼请求。这可能包括合同、交易记录、沟通记录、照片、视频等。
   • 确定诉讼请求：明确您的诉讼请求是什么，是要求赔偿损失、履行合同、解除合同还是其他。这有助于确定诉讼的方向和重点。
   • 选择管辖法院：根据被告的住所地或合同履行地等因素，选择合适的管辖法院。如果涉及多家被告且它们位于不同地区，可能需要考虑选择对案件有管辖权且便于诉讼的法院。

3. 实际操作建议：

   • 咨询专业律师：虽然我在这里为您提供了一些基本的法律指导，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，在提起诉讼前，建议您咨询专业律师，以便根据您的具体情况制定更详细的诉讼策略。
   • 准备诉讼材料：根据律师的指导，准备起诉状、证据清单等诉讼材料。确保这些材料清晰、准确、完整地反映了您的诉讼请求和事实依据。
   • 关注诉讼时效：注意诉讼时效的问题，确保在法定的诉讼时效期间内提起诉讼。否则，您可能会失去胜诉权。

举例说明：假设您与某连锁超市的一家分店发生了合同纠纷，您认为该分店违反了合同约定并给您造成了损失。在这种情况下，您可以以该分店为被告提起诉讼。如果该分店是独立法人实体，您需要提供其营业执照、法定代表人信息等；如果它是某公司的分支机构，您可能还需要提供总公司的相关信息。在诉讼过程中，您需要提交合同、交易记录等证据来支持您的诉讼请求。

综上所述，当连锁店营业执照都不同时，如何诉讼取决于具体的法律关系和案件情况。希望以上分析能对您有所帮助。如果您有更具体的法律问题或需要进一步的法律指导，请直接向我咨询。