核心结论：若政府单位委托审计时多扣了钱且已被发现，您可通过及时沟通、核查依据、协商解决、申请行政复议或提起行政诉讼等途径维护权益，具体需结合实际情况选择合适方式。以下是详细分析：

1. 及时与政府单位沟通
   发现多扣款项后，第一时间与委托审计的政府单位财务或审计部门取得联系，明确指出多扣的具体项目、金额及依据（如合同条款、审计报告中的计算错误等）。要求对方暂停支付流程（若款项尚未支付完毕），或启动退款程序（若已支付）。
   法律依据：根据《民法典》第五百七十七条，当事人一方不履行合同义务或履行不符合约定的，应承担继续履行、采取补救措施或赔偿损失等违约责任。政府单位作为合同相对方，有义务纠正错误支付行为。

2. 核查多扣款项的依据
   要求政府单位提供审计报告、付款凭证等材料，确认多扣款项的具体原因（如计算错误、重复扣款、适用标准错误等）。若对方无法提供合理依据，可主张其行为构成不当得利，要求返还。
   法律依据：根据《民法典》第九百八十五条，得利人没有法律根据取得不当利益的，受损失的人可以请求得利人返还取得的利益。

3. 协商解决
   若多扣款项金额较小或争议不大，可优先通过协商方式解决。例如，签订补充协议明确退款金额、时间及方式，或要求政府单位以书面形式承诺纠正错误。
   操作建议：协商过程中注意保留沟通记录（如邮件、微信聊天记录），作为后续维权证据。

4. 申请行政复议或提起行政诉讼（如涉及行政行为）
   若政府单位的多扣款项行为属于行政行为（如以行政处罚、行政征收等名义扣款），且您认为该行为违法，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
   法律依据：

   • 《行政复议法》第十一条：公民、法人或其他组织认为行政行为侵犯合法权益的，可申请行政复议。
     
   • 《行政诉讼法》第二条：公民、法人或其他组织认为行政机关和行政机关工作人员的行政行为侵犯其合法权益，有权提起诉讼。
     注意：需在法定期限内提出（行政复议一般为60日，行政诉讼一般为6个月），并提交相关证据材料。

5. 委托第三方机构复核
   若对审计结果存疑，可委托具有资质的第三方审计机构对原审计报告进行复核，出具独立意见作为维权依据。
   操作建议：选择与政府单位无利害关系的审计机构，确保复核结果的客观性。

风险提示：

• 若政府单位拒绝纠正错误，需及时通过法律途径维权，避免超过诉讼时效。
  
• 维权过程中注意保留合同、审计报告、付款凭证、沟通记录等证据，以支持主张。
  

如有进一步疑问或需协助处理具体案件，可直接向我咨询，我将结合实际情况为您提供详细方案。