检察院自侦案件法定不起诉与公安机关办理案件法定不起诉存在差异，这主要是由于两者在案件来源、侦查权限以及法律监督职能上的不同所导致的。以下从几个方面进行详细分析：
案件来源与侦查权限：
- 检察院自侦案件：主要涉及国家工作人员职务犯罪等特定类型的案件，如贪污贿赂、渎职侵权等。这些案件由检察院直接立案侦查，具有独立的侦查权。
- 公安机关办理案件：则涵盖了更广泛的刑事案件类型，包括但不限于盗窃、抢劫、故意伤害等。公安机关负责这些案件的侦查工作，但并不具备对所有类型案件的侦查权，特别是那些由检察院自侦的案件。
法定不起诉的情形：
- 共同点：无论是检察院自侦案件还是公安机关办理案件，法定不起诉的情形通常都包括犯罪嫌疑人没有犯罪事实、情节显著轻微危害不大不认为是犯罪、犯罪已过追诉时效期限、经特赦令免除刑罚、依照刑法告诉才处理的犯罪没有告诉或撤回告诉，以及犯罪嫌疑人死亡等情形。
- 差异点：在检察院自侦案件中，由于案件涉及国家工作人员职务犯罪，可能还存在一些特定的法定不起诉情形，如涉及国家秘密、个人隐私等需要保密的案件，或者根据案件具体情况和法律规定，认为不起诉更为适宜的情形。这些情形在公安机关办理的案件中可能并不适用或较少出现。
法律监督职能：
- 检察院：作为法律监督机关，检察院在自侦案件中不仅承担侦查职责，还负责对侦查活动进行法律监督。这包括对侦查行为的合法性、证据的合法性等进行审查。因此，在决定是否起诉时，检察院会综合考虑案件事实、证据以及法律监督的要求。
- 公安机关：则主要负责侦查工作，虽然也需要依法进行，但在法律监督方面的职责相对较轻。公安机关在侦查终结后，会将案件移送检察院审查起诉，由检察院决定是否起诉。
实践操作中的差异：
- 在实践中，由于检察院自侦案件的特殊性和敏感性，检察院在决定是否起诉时可能会更加谨慎和严格。这可能导致在相同或类似的情况下，检察院自侦案件的法定不起诉率可能相对较低。
- 公安机关办理的案件则可能因案件类型多样、数量庞大而呈现出不同的起诉和不起诉情况。公安机关在侦查过程中也会依法进行审查，但最终是否起诉的决定权在检察院手中。
总结与建议：
检察院自侦案件与公安机关办理案件在法定不起诉方面存在差异，这主要是由于两者在案件来源、侦查权限以及法律监督职能上的不同所导致的。对于涉及具体案件的法定不起诉问题，建议根据案件的具体情况和相关法律规定进行综合分析。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见。