结论：员工非因工去世，公司若只和他母亲签署相关协议而父亲不同意，这一行为的合法性及效力需分情况讨论，不能一概而论。

分析如下：

1. 协议内容与性质：

   • 首先，需要明确公司与他母亲签署的是什么协议。如果是关于员工非因工去世后的抚恤金、丧葬费等福利待遇的支付协议，那么这类协议通常涉及的是员工家属之间的权益分配问题。
   • 在这种情况下，如果公司仅与母亲一方签署协议，而父亲作为另一法定继承人或家属未表示同意，该协议可能因未得到所有相关权益人的同意而存在效力瑕疵。特别是当协议内容涉及对父亲权益的处分时，未经父亲同意，该部分内容可能无效。

2. 法定继承与权益分配：

   • 根据《中华人民共和国民法典》中关于继承的规定，员工的遗产（包括可能因非因工去世而获得的抚恤金等）应由其法定继承人共同继承。法定继承人通常包括配偶、子女、父母等。
   • 因此，在处理员工非因工去世后的相关事宜时，公司应尽可能与所有法定继承人进行协商，并确保协议内容得到所有相关权益人的同意。如果仅与部分家属签署协议，可能会引发其他家属的异议和纠纷。

3. 公司责任与义务：

   • 公司作为用人单位，在员工非因工去世后，有义务按照相关法律法规和公司政策支付相应的抚恤金、丧葬费等福利待遇。
   • 在支付这些费用时，公司应确保支付行为的合法性和合理性，避免因为支付对象或支付方式的不当而引发纠纷。如果公司仅与母亲一方签署协议并支付费用，而父亲对此提出异议，公司可能需要承担相应的法律责任。

4. 建议与解决方案：

   • 协商解决：公司应主动与员工家属（包括父亲和母亲）进行协商，就抚恤金等福利待遇的支付问题达成一致意见，并签署书面协议。
   • 法律途径：如果协商无果，公司或家属可以寻求法律途径解决纠纷。例如，通过劳动仲裁或民事诉讼等方式来确认协议的效力或解决权益分配问题。
   • 完善内部制度：公司应完善内部制度，明确在员工非因工去世后的处理流程和支付标准，以减少类似纠纷的发生。

后续行动建议：

• 如果您是公司方，建议尽快与员工家属（包括父亲和母亲）进行沟通协商，确保协议内容得到所有相关权益人的同意，并签署书面协议以避免后续纠纷。
• 如果您是员工家属方（如父亲），且对公司仅与母亲签署协议的行为表示异议，建议与公司进行沟通协商或寻求法律途径来维护自己的合法权益。

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