结论前置：损坏公司物料扣钱超出物料本身价值，是可以申请劳动仲裁的。以下从多个角度为你详细分析：
法律背景与规定
根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。这一规定明确了用人单位在劳动者造成经济损失时的赔偿权利，但同时也对赔偿方式和限额进行了严格限制。
超出物料价值扣款的合法性分析
扣款限额：如果公司扣除的金额超过了劳动者当月工资的20%，或者扣除后剩余工资低于当地最低工资标准，那么这种扣款行为就是违法的。在这种情况下，劳动者有权要求公司返还多扣的部分。
物料价值与扣款关系：即使劳动者确实损坏了公司物料，公司也只能按照物料的实际价值进行索赔，而不能随意提高赔偿金额。如果公司扣款超出了物料本身的价值，这同样构成了违法扣款。
劳动仲裁的适用性
当劳动者认为公司的扣款行为违法时，可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。在申请劳动仲裁时，劳动者需要提供相关证据，如工资条、扣款通知、劳动合同等，以证明公司的扣款行为确实违法。劳动争议仲裁委员会将根据相关法律法规和证据材料，对争议进行裁决。
实际操作建议
与公司协商：在申请劳动仲裁之前，劳动者可以先尝试与公司进行协商，看是否能够达成和解。如果公司愿意返还多扣的部分或者调整扣款金额，那么就可以避免劳动仲裁的繁琐程序。
收集证据：如果协商无果，劳动者需要积极收集相关证据，以证明公司的扣款行为违法。这些证据可以包括工资条、扣款通知、劳动合同、物料价值证明等。
申请劳动仲裁：在收集到足够证据后，劳动者可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。在申请过程中，劳动者需要填写仲裁申请书，并提交相关证据材料。
寻求法律援助：如果劳动者对法律程序不熟悉或者担心自己的权益得不到保障，可以寻求专业律师的法律援助。律师将为劳动者提供法律咨询、代理仲裁等服务，确保劳动者的权益得到充分维护。
最后，损坏公司物料扣钱超出物料本身价值是可以申请劳动仲裁的。在处理此类争议时，劳动者应了解自己的权益和法律程序，积极收集证据并寻求法律援助，以确保自己的权益得到充分维护。如果你还有其他劳动工伤方面的法律问题，欢迎直接向我咨询。