签了协议后是否还能申请仲裁，主要取决于协议中是否包含有效且明确的仲裁条款，以及该条款是否符合法律规定，同时也要考虑双方之间的实际法律关系。以下从不同角度为你详细分析：
一、协议中包含有效仲裁条款的情况
仲裁条款的有效性：
- 若双方签订的协议中明确约定了仲裁条款，且该条款符合法律规定（如约定了明确的仲裁机构、仲裁事项等），则在协议相关事项发生争议时，可依据该仲裁条款申请仲裁。
- 例如，协议中明确约定：“因本协议产生的任何争议，双方应提交至XX仲裁委员会进行仲裁。”这样的条款就是有效的仲裁条款。
仲裁条款的内容要求：
- 仲裁条款应包含双方同意通过仲裁解决纠纷的意思表示、待仲裁的具体事宜以及选定的仲裁委员会。
- 如果仲裁条款在关键因素或仲裁委员会上未作约定或约定不详尽，当事人可通过补充协议来明确。无法达成补充协议的，原仲裁条款可能被视为无效。
二、协议中无仲裁条款但事后达成仲裁协议的情况
- 若原协议中未约定仲裁条款，但争议发生后双方另行达成了仲裁协议，且该协议符合法定的有效要件（如双方自愿、意思表示真实、不违反法律法规等），同样可通过仲裁方式解决纠纷。
- 例如，双方在争议发生后，签订了一份补充协议，明确约定将争议提交至XX仲裁委员会进行仲裁，这样的补充协议也是有效的。
三、协议中无仲裁条款且未达成仲裁协议的情况
劳动关系的判断：
- 如果协议实质上构成劳动关系（如存在从属性、劳动报酬支付等特征），即使协议中未约定仲裁条款，劳动者也有权根据《劳动争议调解仲裁法》的规定，向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 例如，某员工与公司签订的“合作协议”中，约定了固定的上下班时间、遵守公司规章制度、按月发放工资等，则该协议实质上构成了劳动关系，员工有权申请劳动仲裁。
非劳动关系的纠纷解决途径：
- 如果协议体现的是平等主体之间基于合作、合伙、委托代理、承揽等其他民事法律关系，不存在劳动关系的从属性等特征，则不属于劳动关系。
- 对于非劳动关系的合作协议纠纷，应通过民事诉讼等途径来解决。例如，双方构成承揽合同关系，发生争议时应通过民事诉讼解决。
四、协议违规或欺诈情形的处理
- 若协议存在违规情形（如违反法律法规、损害劳动者合法权益等），或签订过程中存在欺诈、胁迫等违背当事人真实意思的情形，则该协议可能无效或可撤销。
- 在此情况下，当事人有权根据具体情况选择适当的争议解决方式，包括但不限于仲裁。但需要注意的是，如果协议被认定为无效或可撤销，那么其中的仲裁条款也可能随之无效。
五、实际操作建议
仔细审查协议内容：
- 在考虑是否申请仲裁前，应仔细审查协议内容，特别是仲裁条款的有效性及具体内容。
尝试沟通补充协议：
- 如协议存在争议或不明确之处，应尝试与对方沟通并达成补充协议，以明确争议解决方式。
咨询专业法律意见：
- 无法达成补充协议或认为协议无效的，应向我咨询，我会根据具体情况为你提供准确的法律意见，并帮助你准备相关证据来支持你的仲裁申请或诉讼选择。
综上所述，签了协议后是否能进行仲裁需根据具体情况判断。在实际操作中，应仔细审查协议内容并咨询专业法律意见以获取准确的指导。如果你有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。