在国内起诉国内自然人向境外公司出资的案件，法律适用问题需根据具体情况分析，主要涉及合同法律适用和公司法律适用两个方面。以下是对这一问题的详细解答：
合同法律适用
当事人意思自治原则：
- 根据《中华人民共和国涉外民事关系法律适用法》第四十一条，当事人可以协议选择合同适用的法律。这意味着，如果国内自然人与境外公司在出资协议中明确约定了适用的法律（如境外法律），则通常应按照该约定来确定合同争议的法律适用。
最密切联系原则：
- 如果当事人没有选择合同适用的法律，或者选择的法律与争议没有实际联系，那么根据最密切联系原则，应适用与合同有最密切联系的法律。这通常包括合同签订地、合同履行地、当事人住所地等因素。在国内起诉的情况下，如果合同履行地或当事人住所地在中国，那么中国法律可能被视为与合同有最密切联系的法律。
公司法律适用
境外公司注册地法律：
- 对于境外公司的内部事务，如公司治理、股东权益等，通常应适用境外公司注册地的法律。这是因为不同国家的公司法规定可能存在差异，而境外公司作为独立法人，其内部事务应受其注册地法律的约束。
中国法律的适用性：
- 然而，如果国内自然人的出资行为涉及中国法律的强制性规定（如外汇管理、反洗钱等），或者该出资行为在中国境内产生了法律后果（如税务、监管等），那么中国法律也可能对相关争议具有适用性。在这种情况下，需要综合考虑中国法律和境外公司注册地法律的适用。
实际操作建议
审查出资协议：
- 首先，应仔细审查国内自然人与境外公司签订的出资协议，查看其中是否明确约定了适用的法律。如果约定了法律，则通常应按照该约定来处理争议。
评估最密切联系因素：
- 如果出资协议中没有约定适用的法律，或者约定的法律与争议没有实际联系，那么应评估与合同有最密切联系的因素，以确定应适用的法律。
考虑中国法律的强制性规定：
- 在处理涉及中国境内法律后果的争议时，应特别注意中国法律的强制性规定，确保相关行为符合中国法律的要求。
寻求专业法律意见：
- 由于涉外法律适用问题可能涉及复杂的法律体系和国际惯例，建议在处理此类争议时寻求专业律师的法律意见，以确保争议的妥善解决。
总结来说，在国内起诉国内自然人向境外公司出资的案件中，法律适用问题需根据具体情况分析。如果出资协议中明确约定了适用的法律，则通常应按照该约定来处理；如果没有约定或约定的法律与争议没有实际联系，则应评估与合同有最密切联系的因素来确定应适用的法律。同时，还应考虑中国法律的强制性规定对争议的影响。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。