结论：在法院当场要回被前夫恶意扣押的证件婴儿出生证明，这一行为本身在合法性上需分情况讨论，但通常情况下，若是在法院主持或认可下进行，是合法的；若未经法院许可自行取回，则可能涉及不合法的情况。以下从不同角度进行详细分析：

一、合法性角度

1. 法院主持或认可下的取回：

   • 如果在法院的调解、判决或执行过程中，法院明确指示或认可你取回被前夫扣押的婴儿出生证明，那么这一行为是完全合法的。法院作为司法机关，其指示或认可具有法律效力，你按照法院的指示行事，不会违反任何法律规定。

2. 未经法院许可自行取回：

   • 如果你未经法院许可，自行前往前夫处取回被扣押的婴儿出生证明，这一行为的合法性就存在疑问。虽然从道德或情感层面，你可能认为这是合理的，但从法律层面，这可能构成对前夫财产权的侵犯（如果出生证明被视为其占有的物品），或者至少可能引发不必要的法律纠纷。

二、法律后果角度

1. 合法取回的法律后果：

   • 在法院主持或认可下取回出生证明，你将获得合法的所有权或使用权，前夫不得再以此为由进行纠缠或提出无理要求。

2. 非法取回的法律后果：

   • 如果你未经法院许可自行取回，前夫可能会向法院提起诉讼，要求你返还出生证明或赔偿损失。在这种情况下，你可能需要承担相应的法律责任，包括返还出生证明、赔偿前夫因此遭受的损失等。

三、建议与措施

1. 寻求法院帮助：

   • 如果你认为前夫扣押婴儿出生证明的行为是不合法的，或者你需要取回出生证明以办理相关手续，建议首先向法院寻求帮助。你可以向法院提起诉讼或申请执行，要求前夫返还出生证明。

2. 保留证据：

   • 在取回出生证明的过程中，无论是否经过法院许可，都建议保留好相关证据，如取回时的照片、视频、证人证言等。这些证据将在后续的法律纠纷中发挥重要作用。

3. 咨询专业律师：

   • 如果你对取回出生证明的法律程序或可能面临的法律后果存在疑问，建议咨询专业律师。律师将根据你的具体情况提供法律建议和指导，帮助你合法、有效地解决问题。

总结：在法院当场要回被前夫恶意扣押的证件婴儿出生证明，其合法性取决于是否经过法院的许可或认可。为了确保行为的合法性并避免不必要的法律纠纷，建议你首先向法院寻求帮助，并在必要时咨询专业律师。如果你有任何进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。