客户委托办理保障性住房申请并收取费用是否合法，需分情况讨论：

1. 若代理人或中介机构具备合法资质且收费合规：

   • 合法性分析：根据相关规定，保障性住房申请本身不收取费用，但若客户委托的是具备合法资质的房产中介或法律服务机构，且该机构仅收取合理的服务费（如咨询费、材料整理费等），且这些费用并非用于“疏通关系”或“保证申请成功”等非法目的，那么这种委托关系在法律上是允许的。但需注意，保障性住房的申请应基于公平、公正、公开的原则，任何以“保证申请成功”为条件的收费均可能涉嫌违法。
   • 法律建议：客户在委托前应核实代理机构或个人的资质，并明确服务内容和费用标准，避免陷入非法收费的陷阱。

2. 若代理人或中介机构无合法资质或收费非法：

   • 非法性分析：若代理人或中介机构不具备合法资质，或以“保证申请成功”为名收取高额费用，甚至涉及行贿等违法行为，那么这种委托关系显然是非法的。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，行贿罪、受贿罪等均可能涉及此类行为，不仅代理人或中介机构可能面临刑事处罚，客户也可能因参与非法活动而承担法律责任。
   • 法律后果：一旦被发现，客户可能面临申请被驳回、已获得的保障性住房被收回、罚款甚至刑事处罚等严重后果。

3. 特殊情况：社区或政府组织的免费协助：

   • 合法性确认：有些社区或政府机构会组织志愿者或工作人员为符合条件的居民提供免费的保障性住房申请协助服务。这种情况下，客户委托的是官方或社区组织的免费服务，不存在收费问题，因此是合法的。
   • 法律建议：客户可以积极寻求这类免费服务，以降低申请成本并提高申请效率。

综合建议：

• 核实资质：在委托任何机构或个人办理保障性住房申请前，务必核实其资质和信誉。
• 明确费用：与代理机构或个人明确服务内容和费用标准，避免陷入非法收费的陷阱。
• 遵守法律：保障性住房的申请应严格遵守相关法律法规和政策规定，不要试图通过非法手段获取保障性住房。
• 寻求帮助：如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。