结论：保障性住房申请过程中收取服务费并提供额外服务是否合法，需分情况讨论，关键在于收费主体、收费依据及服务内容是否符合法律规定。

1. 若收费主体为政府相关部门或其委托机构，且收费有明确法律依据
   根据《公共租赁住房管理办法》《经济适用住房管理办法》等规定，保障性住房的申请、审核、配租等环节通常由政府主导，不得收取任何额外费用。若政府委托第三方机构协助处理申请材料（如信息录入、政策咨询等），且费用由财政专项拨款支付，则不涉及向申请人收费。此时若出现收费行为，可能涉嫌违规，申请人可向当地住建部门或纪检监察机关举报。

2. 若收费主体为第三方中介机构，且提供的是“代办申请”等额外服务

   • 合法性边界：中介机构可收取合理服务费，但需满足两个条件：
     
     • 服务内容合法：仅能提供政策咨询、材料整理等辅助性服务，不得承诺“包过”“优先配租”等违规操作（可能涉嫌诈骗或行贿）；
       
     • 收费透明：需提前明确服务项目、收费标准，并签订书面合同，避免隐性收费。
       
   • 风险点：若中介以“疏通关系”等名义收取高额费用，或伪造材料代办申请，不仅违法，还可能导致申请人被取消资格、纳入诚信黑名单，甚至承担刑事责任。

3. 若额外服务涉及“配套设施使用”等非申请环节费用
   例如，部分保障性住房小区提供付费的增值服务（如地下车位、装修升级等），此类费用若在合同中明确约定且不违反保障性住房管理规定（如不得改变住房保障性质），则可能合法。但需注意：保障性住房的核心是“保障基本居住需求”，任何附加收费均不得影响公平配租原则。

建议行动：

• 若遭遇违规收费，可要求对方出示收费依据（如政府文件、合同条款），拒绝支付无依据的费用；
  
• 保留收费凭证、宣传材料等证据，向当地住建部门、市场监管部门或12345热线投诉；
  
• 若因中介欺诈遭受损失，可依据《民法典》第148条主张撤销合同并索赔，或向公安机关报案。
  

如有具体案例或合同条款需要分析，可进一步提供细节，我会为您详细解答。