结论：合同未写明数量仅约定总金额时，开发票时是否可以写两套需分情况讨论，核心取决于合同实际履行情况、双方交易习惯及税务合规要求，具体分析如下：
若合同实际履行内容与“两套”对应，且双方无异议，可开具
根据《民法典》第143条，民事法律行为有效需满足“意思表示真实”。若合同虽未明确数量，但双方实际交易内容即为“两套”（如买卖两套设备、提供两套服务），且双方对“两套”的交付、验收、付款等环节均无争议，此时发票开具“两套”属于对实际交易内容的真实反映，符合《发票管理办法》第19条“开具发票应当与实际经营业务情况一致”的要求，税务上通常不会认定为虚开。
举例：甲向乙购买两台机器，合同仅写“总金额10万元”，未写数量。实际交付两台且乙无异议，此时开票写“两台机器，金额10万元”合法。
若合同实际履行内容与“两套”不符，或双方对数量有争议，不可开具
若合同实际履行内容并非“两套”（如仅交付一套），或双方对“两套”的约定存在争议（如一方主张“两套”包含附加服务，另一方主张仅为实物），此时开票写“两套”可能被认定为“与实际经营业务情况不符”，违反《发票管理办法》第22条，面临税务处罚（如罚款、没收违法所得）。
举例：甲向乙购买软件，合同写“总金额5万元”，未写数量。实际乙仅交付一套软件，但甲要求开票写“两套软件，金额5万元”，此时乙若开具，可能被税务机关认定为虚开发票。
税务合规建议：优先通过补充协议明确数量，再开票
为避免争议，建议双方签订补充协议，明确合同标的的具体数量（如“本合同标的为两套XX设备”），再根据补充协议内容开具发票。若无法签订补充协议，可保留实际交付两套的证据（如送货单、验收单、沟通记录等），证明开票内容与实际一致，降低税务风险。
总结：合同未写数量时，开票能否写“两套”需以实际履行内容为准。若实际为两套且无争议，可开；若实际不符或存在争议，不可开。建议优先通过补充协议明确数量，确保开票合规。如有具体合同或交易细节，可进一步向我咨询，我会结合条款分析风险。