合同总金额可以分开开票，但需满足一定条件并遵循相关法律规定。以下从不同角度进行分析：

1. 合同约定角度：

   • 如果合同中明确约定了可以分开开票，比如约定了分期付款并对应分期开票，那么按照合同约定执行即可。这种情况下，分开开票是双方协商一致的结果，具有合同依据。
   • 若合同没有明确约定，但双方在实际履行过程中达成了一致意见，同意分开开票，这种口头或书面的补充协议也是有效的，只要不违反法律法规的强制性规定。

2. 税务法规角度：

   • 根据《中华人民共和国发票管理办法》及相关税收法规，发票的开具应当与实际交易相符。因此，如果分开开票能够真实反映交易的实际发生情况，比如每次交易的部分金额对应一次开票，且每次交易都是独立、合法的，那么分开开票是合法的。
   • 但需要注意的是，如果分开开票是为了逃避税收、虚开发票等非法目的，那么这种行为是违法的，将受到税务机关的处罚。

3. 实际操作角度：

   • 在实际操作中，分开开票可能会增加一些管理成本和操作复杂性，比如需要多次开具发票、多次进行账务处理等。因此，在决定是否分开开票时，除了考虑合同约定和税务法规外，还需要考虑实际操作的便利性和成本效益。
   • 另外，如果分开开票涉及到跨期问题，比如部分交易发生在上一个会计期间，部分交易发生在下一个会计期间，那么还需要考虑会计处理的准确性和合规性。