总价包干合同能否分开开票是合法的，但需满足一定条件。具体分析如下：

1. 合同约定优先
   总价包干合同中若明确约定了开票方式（如分阶段、分项目开票），则双方应按合同约定执行。例如，合同约定“按工程进度分三次开具发票”，此时分开开票完全合法，且符合《民法典》第509条“全面履行合同义务”的要求。

2. 无约定时的处理原则
   若合同未约定开票方式，根据《发票管理办法》第19条，销售方（承包方）应按实际交易内容开具发票。此时是否可分开开票需满足两个条件：

   • 交易真实性：分开开票需与实际履行情况一致（如分阶段验收、分部分交付）；
     
   • 税务合规性：需符合税法关于“发票与实际经营业务相符”的规定，避免被认定为“虚开发票”（如为少缴税款故意拆分）。

3. 税务风险警示
   若分开开票仅是为了延迟纳税或转移收入，可能涉及以下风险：

   • 行政处罚：根据《税收征收管理法》第63条，偷税行为可处不缴或少缴税款50%至5倍罚款；
     
   • 刑事责任：若虚开发票金额较大，可能构成《刑法》第205条“虚开发票罪”，最高可处7年有期徒刑。

实务建议：

• 合同签订前，明确约定开票方式、时间节点及违约责任；
  
• 开票时保留分阶段履行的证据（如验收单、付款记录）；
  
• 避免为“调节税负”随意拆分开票，建议提前与税务机关沟通。
  

如有具体合同条款或操作场景需要分析，可直接向我提供细节，我会进一步结合法律条文和实务案例为你解答。