结论：合同未规定开票次数时，一般可以分开开票，但需结合合同履行情况、交易习惯及税务合规要求综合判断。以下从法律、税务、实务操作三个角度展开分析：

1. 法律层面：合同未约定时的处理原则

根据《民法典》第510条，合同生效后，当事人就质量、价款等未约定或约定不明的，可协议补充；无法达成补充协议的，按合同相关条款或交易习惯确定。

• 分开开票的合法性：若合同未明确限制开票次数，且分开开票不影响合同总价款、履行进度等核心条款，通常不违反法律规定。
  
• 例外情形：若合同隐含“一次性开票”的交易习惯（如长期合作中一贯采用一次性开票），或分开开票会实质性改变合同权利义务（如影响付款条件），则可能被认定为违约。

2. 税务层面：分开开票的合规性

根据《增值税暂行条例》及税务实践，开票需与实际交易相符，且需满足以下条件：

• 业务真实性：每次开票需对应真实的交易部分（如分期交付货物或服务），避免虚开发票风险。
  
• 税务申报一致性：分开开票后，需确保增值税申报、企业所得税申报等与开票内容匹配，避免税负异常。
  
• 建议操作：若需分开开票，可在合同中补充约定“按实际履行进度分批开票”，或留存分期交付的证据（如送货单、验收单），以佐证开票合理性。

3. 实务操作建议

• 优先协商补充条款：若合同未约定开票次数，建议与对方书面确认分开开票的具体方式（如时间、金额、条件），避免后续纠纷。
  
• 保留履约证据：分开开票时，需留存交易分阶段完成的证据（如阶段性验收报告、付款记录），证明开票与实际履行一致。
  
• 关注对方异议：若对方以“合同未约定”为由拒绝分开开票，可主张根据交易习惯或实际履行情况处理；若对方坚持一次性开票，需评估是否影响自身资金流或税务安排。

总结：合同未规定开票次数时，分开开票具有合法性基础，但需确保业务真实、税务合规，并尽量通过补充协议或履约证据降低风险。如有具体交易场景或合同条款需进一步分析，可直接向我咨询。