政府单位及2家企业签订的施工合同三方协议，是需要缴纳合同印花税的。以下从多个角度为你详细分析：
法律依据
根据《中华人民共和国印花税法》的规定，在中华人民共和国境内书立应税凭证、进行证券交易的单位和个人，为印花税的纳税人，应当依照本法规定缴纳印花税。应税凭证，是指本法所附《印花税税目税率表》列明的合同、产权转移书据和营业账簿。其中，建设工程合同属于应税凭证的一种。因此，施工合同，无论其是双方协议还是三方协议，只要是在中华人民共和国境内书立的，都需要按照法律规定缴纳印花税。
印花税的具体适用
纳税义务人：在施工合同三方协议中，每一方都是印花税的纳税义务人。也就是说，政府单位以及两家企业都需要根据各自在合同中所承担的权利和义务，按照规定的税率缴纳印花税。
计税依据：印花税的计税依据是合同所载金额。对于施工合同来说，通常就是合同的总价款或者工程结算价款。需要注意的是，如果合同中存在不同税率的应税凭证，如既包含建设工程合同又包含借款合同等，应分别计算应纳税额，然后相加得出总应纳税额。
税率：根据《印花税税目税率表》，建设工程合同的税率为合同所载金额的万分之三。这意味着，每一方都需要根据各自在合同中所占的金额比例，按照万分之三的税率缴纳印花税。
实际操作中的注意事项
合同金额的确定：在签订施工合同时，各方应明确合同的总价款或者工程结算价款，以便准确计算应缴纳的印花税。如果合同金额在履行过程中发生变化，如发生增减项等，应及时调整印花税的计税依据。
纳税申报：各方应在合同签订后，按照规定的期限向税务机关申报缴纳印花税。如果逾期未申报或者未足额缴纳印花税，可能会面临税务机关的处罚。
合同备案：虽然印花税的缴纳并不直接要求合同备案，但为了便于税务机关的管理和核查，各方在签订施工合同后，可以考虑将合同进行备案。这样，在发生税务争议时，也可以作为有力的证据来支持自己的观点。
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