在业主、总包单位、承包人签订的三方合同中，印花税的缴纳问题需根据合同的具体性质和内容来确定，但通常情况下，这类合同会涉及多方作为纳税义务人，具体分析如下：

1. 印花税纳税义务人的确定原则：

   • 印花税是对经济活动和经济交往中书立、领受具有法律效力的凭证（如合同、产权转移书据、营业账簿、权利许可证照等）所征收的一种税。
   • 纳税义务人通常是根据合同或凭证的签订、领受方来确定的。在三方合同中，如果合同内容涉及多方共同的权利和义务，那么这些多方都可能成为印花税的纳税义务人。

2. 三方合同的具体情况分析：

   • 如果三方合同被视为一个整体合同：即合同内容涵盖了业主、总包单位、承包人之间的所有交易和权利义务关系，那么三方都可能需要根据合同金额和印花税税率来计算并缴纳印花税。具体来说，每一方都可能需要根据其作为合同一方所承担的义务部分来缴纳相应的印花税。
   • 如果三方合同被拆分为多个独立合同：即业主与总包单位、总包单位与承包人之间分别签订了独立的合同，那么印花税的缴纳将分别根据这些独立合同来确定。在这种情况下，每个独立合同的签订方都需要根据其合同金额和印花税税率来缴纳印花税。

3. 实际操作中的建议：

   • 明确合同性质：在签订三方合同时，应明确合同的性质和内容，以确定印花税的缴纳方式和纳税义务人。
   • 咨询税务机关：由于印花税的具体缴纳方式和税率可能因地区和政策而异，建议在签订合同前咨询当地税务机关或专业税务顾问，以确保合规缴纳印花税。
   • 保留相关凭证：无论作为哪一方，都应妥善保留与合同相关的凭证和文件，以备税务机关查验。

4. 法律后果：

   • 如果未按照规定缴纳印花税，可能会面临税务机关的处罚，包括罚款、滞纳金等。
   • 在严重的情况下，还可能影响企业的信誉和正常运营。

总结来说，在业主、总包单位、承包人签订的三方合同中，印花税的缴纳问题需根据合同的具体性质和内容来确定。建议各方在签订合同前明确合同性质、咨询税务机关并保留相关凭证，以确保合规缴纳印花税并避免不必要的法律风险。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。