政府单位员工休病假是否扣钱，需根据具体情况判断，但总体原则是：在规定的医疗期内，用人单位一般不得降低工资待遇；超出医疗期或未按规定程序申请病假的，用人单位可能依法调整工资或解除劳动合同。以下是具体分析：
一、医疗期内的工资支付规定
根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》以及《劳动部关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》的相关规定：
医疗期定义：医疗期是指企业职工因患病或非因工负伤停止工作治病休息不得解除劳动合同的时限。医疗期的长度根据职工本人实际参加工作年限和在本单位工作年限确定，一般为3个月到24个月不等。
工资支付：在医疗期内，职工停工医疗累计不超过6个月的，由企业发给本人工资70%的病假工资；累计超过6个月的，由企业发给本人工资60%的疾病救济费。但病假工资或疾病救济费不得低于当地最低工资标准的80%。对于政府单位员工，同样适用这一规定，即医疗期内工资待遇一般不得降低至法定标准以下。
二、超出医疗期或未按规定程序申请病假的情况
超出医疗期：如果职工医疗期满后仍不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的，用人单位可以依法解除劳动合同，并按照规定支付经济补偿。在此情况下，职工不再享受病假工资待遇。
未按规定程序申请病假：如果职工未按照用人单位规定的程序申请病假，或者提供的病假证明不真实、不完整，用人单位有权拒绝支付病假工资，并可能根据规章制度对职工进行纪律处分。
三、特殊情况下的工资支付
工伤医疗期：如果职工因工负伤或患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这与普通病假有所不同，工伤医疗期的工资待遇更高且不受医疗期限制。
地方性规定：不同地区可能根据当地实际情况制定了更为具体的病假工资支付规定。例如，某些地区可能规定了更高的病假工资比例或更长的医疗期。因此，在具体操作中还需参考当地的相关规定。
四、建议与注意事项
了解单位规章制度：政府单位员工在申请病假前，应详细了解单位的规章制度和病假申请流程，确保按照规定程序申请病假并提供真实、完整的病假证明。
保留相关证据：在申请病假期间，员工应保留好医疗证明、病假条等相关证据，以备不时之需。
及时沟通：如果员工在病假期间遇到工资支付问题或其他纠纷，应及时与单位沟通协商解决。如协商无果，可依法向劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁。
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