工商部门对利用违建牟利的商家，通常会根据违法情节的严重程度，采取责令停止违法行为、没收违法所得、罚款、吊销营业执照等处罚措施。具体分析如下：

1. 责令停止违法行为：工商部门在发现商家利用违建进行经营活动时，首先会责令其立即停止违法行为，即停止在违建内进行的一切商业活动。这是为了防止违法行为的继续扩大，减少对社会秩序和公共利益的进一步损害。

2. 没收违法所得：如果商家已经通过违建获得了经济利益，工商部门有权没收其违法所得。违法所得是指商家因利用违建进行经营活动而获得的全部收入，包括但不限于销售额、租金等。没收违法所得是对商家违法行为的一种经济制裁，旨在剥夺其非法利益。

3. 罚款：工商部门还会根据商家的违法情节和造成的后果，对其处以一定数额的罚款。罚款的数额会根据具体情况而定，但通常会与商家的违法所得、违法行为的持续时间、对社会秩序和公共利益的影响程度等因素有关。罚款的目的是对商家进行经济惩罚，促使其认识到违法行为的严重性，并主动改正。

4. 吊销营业执照：对于情节严重、屡教不改的商家，工商部门有权吊销其营业执照。营业执照是商家合法经营的凭证，吊销营业执照意味着商家将失去合法经营资格，无法继续从事商业活动。这是对商家违法行为的一种严厉制裁，旨在维护市场秩序和公共利益。

在处罚过程中，工商部门会遵循法定程序，包括立案、调查取证、告知权利、听取陈述申辩、作出处罚决定等步骤。商家有权在处罚过程中进行陈述和申辩，如果对处罚决定不服，还可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。

建议：作为商家，应当遵守法律法规，不得利用违建进行经营活动。如果已经存在违建情况，应尽快主动拆除或整改，以避免受到工商部门的处罚。如果对工商部门的处罚决定有异议，可以及时咨询我，了解相关法律程序和维权途径。