针对商业用地违法建成的处罚问题，核心结论是：处罚措施需结合违法情形、法律适用及执法主体综合判断，可能涉及行政处罚、民事赔偿及刑事责任。以下是具体分析：

1. 行政处罚：核心执法手段

根据《城乡规划法》第六十四条，未取得建设工程规划许可证或未按许可建设的，由城乡规划主管部门责令停止建设；若尚可采取改正措施消除影响的，限期改正并处工程造价5%-10%罚款；无法改正的，限期拆除，不能拆除的没收实物或违法收入，可并处工程造价10%以下罚款。
关键点：

• 违法情形区分：是否取得部分许可、是否影响规划实施（如消防通道、日照间距等）直接影响处罚力度。
  
• 执法主体：城乡规划部门是主要执法机关，但若涉及土地用途变更（如将工业用地改为商业），国土资源部门可能依据《土地管理法》第七十七条责令退还土地、限期拆除或没收。
  
• 程序要求：处罚前需履行立案、调查、告知权利、听证等程序，当事人有权陈述申辩或申请行政复议。

2. 民事赔偿：对第三方的救济

若违法建设侵害他人权益（如遮挡采光、占用公共空间），受害方可依据《民法典》第二百三十六条（排除妨害请求权）或第二百三十八条（损害赔偿请求权）提起民事诉讼，要求停止侵害、恢复原状或赔偿损失。
示例：

• 商铺因违法加建导致客流量减少，可主张经营损失赔偿；
  
• 住宅因违法搭建影响通风，可要求拆除并赔偿健康损害。

3. 刑事责任：极端情形下的追责

若违法建设涉及重大安全事故或贪腐行为，可能触犯刑法：

• 工程重大安全事故罪（《刑法》第一百三十七条）：建设单位、设计单位、施工单位、监理单位违反国家规定，降低工程质量标准，造成重大安全事故的，对直接责任人员处五年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；后果特别严重的，处五年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
  
• 行贿罪/受贿罪：若通过贿赂手段获取建设许可，行贿方和受贿方均可能被追究刑事责任。

4. 特殊情形：历史遗留问题处理

对于早期建设的违法建筑，若符合城市更新政策或地方性法规的“补办手续”条件（如缴纳罚款、补交土地出让金），可能通过合法化程序保留。但需注意：

• 地方差异：部分城市（如深圳、上海）已出台历史违建处理细则，需以当地政策为准；
  
• 程序严格：通常需经规划、消防、环保等多部门联合审查，且可能限制交易、抵押等权利。

建议：若涉及具体案件，需结合土地性质、建设时间、规划许可情况等细节综合判断。您可直接向我提供更多信息（如是否取得部分许可、是否已收到处罚通知等），我将进一步分析法律风险及应对策略。