若公司不承认工伤在医院开具的发票，您可以按照以下步骤处理：

1. 确认发票的合法性与关联性
   首先，请确保您提交的发票是正规医疗机构开具的，且内容与工伤治疗直接相关（如药品费、检查费、手术费等）。若发票存在涂改、模糊或非工伤治疗项目（如美容、保健品等），公司有权拒绝承认。若发票本身无误，则公司无合理理由拒收，您可进入下一步。

2. 与公司协商并留存证据

• 书面沟通：通过邮件、微信或书面函件向公司说明发票的用途（如报销工伤医疗费），并要求公司明确拒绝承认的原因。若公司口头拒绝，务必通过书面形式追问，固定证据。
  
• 引用法律依据：根据《工伤保险条例》第三十条，工伤职工治疗工伤的费用符合工伤保险诊疗项目目录、药品目录的，应从工伤保险基金支付。若公司未为您缴纳工伤保险，则费用应由公司承担。您可向公司说明此规定，要求其履行义务。

1. 申请劳动仲裁或投诉
   若协商无果，您可采取以下措施：
   

• 劳动仲裁：向公司所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，主张公司支付工伤医疗费用。需提交证据包括：工伤认定决定书、医疗发票、病历、与公司沟通的记录等。
  
• 劳动监察投诉：向当地劳动保障监察部门投诉公司拒不支付工伤医疗费的行为，监察部门可责令公司限期支付。

1. 同步申请工伤保险待遇（如已参保）
   若公司为您缴纳了工伤保险，您可自行向社保经办机构申请报销医疗费用。需提交材料包括：工伤认定决定书、医疗发票、费用清单等。若公司未协助办理，您可单独申请，后续再向公司追偿其应承担的部分（如自费项目）。

关键提醒：

• 工伤认定是前提：若尚未完成工伤认定，需先向人社局申请认定，否则公司可能以“非工伤”为由拒付费用。
  
• 保留所有证据：包括发票、病历、工伤认定书、与公司沟通的记录等，这些是维权的核心依据。
  
• 行动时效性：劳动仲裁时效为1年，自您知道或应当知道权利被侵害之日起计算，建议尽快处理。

若您在处理过程中遇到具体问题（如公司拒收证据、仲裁流程不熟悉等），可随时向我咨询，我会结合您的实际情况提供详细指导。