若交通事故被认定为工伤但公司不承认，您可按以下步骤处理，以维护自身合法权益：
一、及时申请工伤认定
申请主体与时间：
- 根据《工伤保险条例》，单位应在事故伤害发生之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
- 若单位未申请，您或您的近亲属、工会组织可在事故伤害发生之日起1年内，直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
申请材料：
- 提交工伤认定申请表。
- 提供与用人单位存在劳动关系（包括事实劳动关系）的证明材料，如劳动合同、工作证、工友证言等。
- 提交医疗机构出具的诊断证明，以证明受伤情况及与工作相关的联系。
二、应对公司不认可的情况
社会保险行政部门调查核实：
- 社会保险行政部门受理申请后，会根据审核需要调查核实情况。
- 用人单位、工会组织、医疗机构以及有关部门需配合工作，据实提供情况和证明材料。
行政复议与行政诉讼：
- 若社会保险行政部门已作出工伤认定结论，但单位仍不认可，您可在60日内申请行政复议，通过上级部门重新审查和裁定。
- 若复议结果仍不满意，您可在6个月内提起行政诉讼，通过法律程序维护自身权益。
三、收集与保留证据
证据种类：
- 交通事故责任认定书，明确事故责任归属。
- 医疗诊断证明，证明受伤情况及治疗过程。
- 劳动合同、工作证、工友证言等，证明与用人单位的劳动关系。
- 其他相关证据，如事故现场照片、监控视频等。
证据保留：
- 在处理过程中，务必保留好所有相关证据，以备在行政复议或行政诉讼中提供有力支持。
四、后续赔偿事宜
工伤赔偿：
- 经认定为工伤后，您可依法享受工伤保险待遇，包括医疗费用、停工留薪期工资等。
交通事故赔偿：
- 依据交通事故责任划分，肇事方需承担相应赔偿责任，包括医疗费、误工费、护理费等。
- 若交通事故赔偿已足额赔付相关费用，工伤保险基金或用人单位不再重复支付相同项目。
- 若交通事故赔偿金额不足，不足部分由工伤保险基金补足。
五、特别提醒
- 时间限制：务必严格按照规定时间申请工伤认定、行政复议和行政诉讼，避免因错过时间而导致权益无法得到有效维护。
- 专业指导：在处理过程中，若遇到复杂情况或不确定如何操作，可随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业指导。
示例说明：
假设您在上班途中遭遇交通事故受伤，且事故责任主要在对方。您及时向单位报告了事故情况，但单位未在规定时间内申请工伤认定。此时，您或您的近亲属可在1年内直接向社会保险行政部门提出工伤认定申请，并提交相关证据材料。若单位对认定结论不认可，您可通过行政复议或行政诉讼途径维护自身权益。同时，您还可依据交通事故责任划分向肇事方主张赔偿。