结论：在劳动争议中，若单位未提交考勤记录，且该记录是证明加班事实的关键证据，单位可能承担不利后果。关于单位应保存考勤记录的期限，一般为两年，但具体可能因地区和单位规定而有所不同。

详细分析：

1. 单位保存考勤记录的法定义务：

   • 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第六条：“发生劳动争议，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供；用人单位不提供的，应当承担不利后果。”考勤记录作为证明劳动者出勤、加班等事实的关键证据，通常由用人单位掌握管理。
   • 同时，虽然《中华人民共和国劳动合同法》等法律法规并未直接规定考勤记录的保存期限，但根据《工资支付暂行规定》等相关规定的精神，以及劳动监察和仲裁实践中的普遍做法，用人单位一般应至少保存考勤记录两年，以备劳动行政部门检查或劳动者申请仲裁、提起诉讼时使用。

2. 单位未提交考勤记录的法律后果：

   • 在劳动争议中，若劳动者主张加班费，并提供了初步证据（如加班通知、同事证言等）证明加班事实的存在，而用人单位未能提供考勤记录等反驳证据，劳动仲裁机构或法院可能会根据劳动者的主张和提供的证据，认定加班事实的存在，并裁决用人单位支付加班费。
   • 此外，用人单位未按照规定保存考勤记录，还可能面临劳动行政部门的处罚，如责令改正、罚款等。

3. 特殊情况下的考勤记录保存期限：

   • 需要注意的是，虽然两年是普遍的保存期限，但某些地区或特定类型的用人单位（如涉及国家安全、公共利益等）可能有更长的保存期限要求。
   • 另外，如果用人单位与劳动者在劳动合同或规章制度中明确约定了更长的考勤记录保存期限，用人单位应按照约定执行。

建议：

• 对于劳动者：在主张加班费时，应尽可能提供加班通知、同事证言、工作记录等初步证据，以证明加班事实的存在。同时，可以要求用人单位提供考勤记录等反驳证据。
• 对于用人单位：应建立健全考勤管理制度，确保考勤记录的准确性和完整性，并按照规定或约定保存考勤记录。在劳动争议中，应积极配合劳动仲裁机构或法院的调查取证工作，提供相关证据。

后续行动：

• 如果您在劳动争议中遇到单位未提交考勤记录的情况，可以及时向劳动仲裁机构或法院提出申请，要求用人单位提供考勤记录。如果用人单位无法提供或拒绝提供，您可以依据相关法律法规和证据规则，主张加班事实的存在，并要求用人单位支付加班费。
• 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议和解决方案。