结论：在建设工程结算审计争议中，建设单位确实可以主动提起诉讼，并在诉讼过程中主动申请司法鉴定。

详细分析：

1. 诉讼权利：

   • 建设单位作为合同的一方，当与施工单位在工程结算上存在争议时，有权依据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，向人民法院提起诉讼，以维护自身的合法权益。

2. 司法鉴定申请：

   • 在诉讼过程中，如果双方对工程结算的金额、质量或其他相关事项存在争议，且这些争议需要通过专业鉴定来明确，那么建设单位（或施工单位）可以向人民法院提出司法鉴定的申请。
   • 司法鉴定通常由具有相应资质的鉴定机构进行，其鉴定结果将作为人民法院审理案件的重要依据。

3. 申请司法鉴定的条件与流程：

   • 条件：申请司法鉴定通常需要满足一定的条件，如争议事项属于司法鉴定的范围、鉴定事项与案件事实有关联等。在建设工程结算审计争议中，如果涉及工程量的计算、工程质量的评估等，通常满足司法鉴定的条件。
   • 流程：建设单位在申请司法鉴定时，需要向人民法院提交书面申请，并附上相关证据材料。人民法院在审查申请后，会决定是否同意进行司法鉴定，并指定相应的鉴定机构。鉴定机构在接受委托后，会按照规定的程序进行鉴定，并出具鉴定报告。

4. 法律后果：

   • 如果司法鉴定结果支持建设单位的诉求，那么人民法院在判决时可能会采纳鉴定结果，从而维护建设单位的合法权益。
   • 如果司法鉴定结果不支持建设单位的诉求，或者鉴定结果存在争议，那么人民法院可能会结合其他证据材料进行综合判断，并作出相应的判决。

建议：

• 在提起诉讼前，建设单位应尽可能收集与争议事项相关的证据材料，以便在诉讼过程中更好地维护自身的权益。
• 在申请司法鉴定时，建设单位应选择具有相应资质和信誉的鉴定机构，以确保鉴定结果的准确性和公正性。
• 在诉讼过程中，建设单位应积极配合人民法院和鉴定机构的工作，提供必要的协助和支持。

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