克扣加班费确实可以成为解除劳动关系的合法理由，但具体是否解除以及解除的方式和后果，需根据实际情况和法律规定来综合判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、法律背景与依据
根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条的规定，用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：…（二）未及时足额支付劳动报酬的；…。加班费作为劳动报酬的一部分，如果用人单位克扣加班费，就构成了未及时足额支付劳动报酬的情形，劳动者有权依据此条款解除劳动合同。
二、解除劳动关系的程序与注意事项
提前通知与协商：
- 在决定解除劳动关系前，劳动者可以尝试与用人单位进行协商，要求用人单位补发加班费。如果协商成功，双方可以继续履行劳动合同。
- 如果协商无果，劳动者可以提前通知用人单位解除劳动合同。根据《劳动合同法》的规定，劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同；在试用期外，提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。
书面通知与证据保留：
- 劳动者在解除劳动合同时，最好以书面形式通知用人单位，并保留好通知的证据，如邮件、短信、快递回执等。
- 同时，劳动者应收集并保留好用人单位克扣加班费的证据，如工资条、考勤记录、加班通知等，以便在后续的法律程序中证明自己的主张。
经济补偿与赔偿：
- 根据《劳动合同法》的规定，如果用人单位存在克扣加班费等违法行为，劳动者解除劳动合同的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿。经济补偿的标准按照劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。
- 如果用人单位的违法行为给劳动者造成了损失，劳动者还可以要求用人单位承担赔偿责任。
三、实际操作中的建议
谨慎选择解除方式：
- 劳动者在决定解除劳动关系前，应充分考虑自己的实际情况和用人单位的违法程度。如果用人单位只是偶尔克扣加班费，且金额不大，劳动者可以考虑通过协商或投诉等方式解决。
- 如果用人单位长期克扣加班费，且金额较大，严重影响了劳动者的生活和工作，劳动者可以选择解除劳动关系并要求经济补偿。
寻求法律援助：
- 在解除劳动关系的过程中，如果劳动者遇到法律难题或用人单位不配合，可以寻求法律援助或咨询专业律师。律师可以为劳动者提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助劳动者维护自己的合法权益。
注意后续维权：
- 解除劳动关系后，如果劳动者发现用人单位存在其他违法行为或未支付应得的劳动报酬和补偿，可以继续通过法律途径维权。劳动者可以向劳动监察部门投诉或向劳动仲裁机构申请仲裁，甚至向法院提起诉讼。
总结来说，克扣加班费是违法行为，劳动者有权据此解除劳动关系并要求经济补偿。但在实际操作中，劳动者应谨慎选择解除方式、保留好相关证据、寻求法律援助并注意后续维权。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。