结论：公司与员工关于提成有争议时，员工以此为由不上班是否违法，需分情况讨论。一般来说，未经公司同意擅自不上班可能构成旷工，属于违法行为；但若员工已通过合法途径维权且公司存在明显过错，员工行为可能具有一定合理性，但仍需谨慎处理。以下从不同角度详细分析：
一、员工擅自不上班的法律性质
旷工的认定：
- 根据《劳动合同法》及相关规定，员工应当遵守公司的规章制度，按时上下班。若员工未经公司同意擅自不上班，且无正当理由，公司有权按照规章制度认定其为旷工。
- 旷工属于严重违反公司规章制度的行为，公司有权依据规章制度对员工进行处罚，包括警告、罚款、解除劳动合同等。
提成争议与旷工的关系：
- 提成争议是员工与公司之间的劳动报酬争议，员工应通过合法途径解决，如与公司协商、申请劳动仲裁或提起诉讼等。
- 员工以提成争议为由擅自不上班，并不能成为免除其旷工责任的理由。因为提成争议与旷工是两个独立的法律问题，不能相互抵消或替代。
二、员工维权途径与注意事项
合法维权途径：
- 协商：员工可以与公司就提成争议进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
- 劳动仲裁：若协商无果，员工可以向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司支付拖欠的提成。
- 诉讼：对劳动仲裁结果不服的，员工可以向法院提起诉讼，通过司法程序解决争议。
注意事项：
- 保留证据：员工在维权过程中应保留好相关证据，如提成协议、工作记录、工资单等，以证明自己的主张。
- 遵守程序：员工应按照法定程序进行维权，不得采取过激行为或擅自不上班等违法行为。
- 谨慎处理：在提成争议未解决前，员工应尽量保持冷静和理性，避免与公司发生不必要的冲突和矛盾。
三、公司应对策略与建议
完善规章制度：
- 公司应制定完善的规章制度，明确旷工的定义、处罚措施等，以便在员工旷工时能够依据规章制度进行处理。
积极沟通协商：
- 公司应积极与员工就提成争议进行沟通协商，寻求双方都能接受的解决方案。若公司确实存在拖欠提成的情况，应及时支付并道歉。
依法处理旷工：
- 若员工擅自不上班构成旷工，公司应依据规章制度进行处理，并保留好相关证据以备后续维权之需。
四、特殊情况下的处理
- 若公司存在明显过错：如公司恶意拖欠提成、违反法律法规等，员工在维权过程中可能因情绪激动或无奈而擅自不上班。此时，虽然员工行为仍可能构成旷工，但公司在处理时应考虑其过错程度，并尽量通过协商或调解等方式解决争议，避免激化矛盾。
- 若员工已提起劳动仲裁或诉讼：在劳动仲裁或诉讼期间，员工应继续履行劳动合同义务，按时上下班。若因特殊情况无法上班，应提前向公司请假并说明原因。未经公司同意擅自不上班的，仍可能构成旷工。
最后建议：作为员工，在遇到提成争议时，应保持冷静和理性，通过合法途径进行维权。作为公司，应积极与员工沟通协商，依法处理争议，避免激化矛盾。若双方无法自行解决争议，可以寻求专业律师的帮助，通过法律途径维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。