侵占公司代为发放的工资财物属于违法行为，可能涉及民事赔偿和刑事责任，具体处理方式需根据侵占金额、情节严重程度及公司制度综合判断。以下是具体分析：

一、民事责任层面：公司可要求返还财物并索赔

1. 法律关系
   公司代为发放工资的行为属于委托代理关系，员工侵占的财物实际属于员工个人所有（公司仅是代发方），但若侵占的是公司代为保管的其他财物（如备用金、报销款等），则构成对公司财产的侵占。

2. 处理方式

   • 协商解决：公司可先与员工沟通，要求其返还财物并说明原因。
     
   • 内部处理：依据公司规章制度（如《员工手册》）对员工进行纪律处分（如警告、降薪、解雇等）。
     
   • 民事诉讼：若员工拒绝返还，公司可向法院提起返还原物之诉或侵权损害赔偿之诉，要求员工返还财物或赔偿损失。

二、刑事责任层面：可能构成职务侵占罪或盗窃罪

1. 职务侵占罪（刑法第271条）

   • 构成要件：员工利用职务上的便利，将公司财物非法占为己有，数额较大（通常6万元以上）的。
     
   • 处理方式：公司可向公安机关报案，由公安机关立案侦查。若认定构成犯罪，员工可能面临3年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；数额巨大的（通常100万元以上），可处3年以上10年以下有期徒刑，并处罚金。

2. 盗窃罪（刑法第264条）

   • 构成要件：若员工侵占的财物不属于其职务范围内管理（如偷拿其他员工工资），或采用秘密窃取手段，可能构成盗窃罪。
     
   • 处理方式：同样需报案，由公安机关侦查。盗窃罪的刑罚根据数额和情节不同，最高可处无期徒刑。

三、实务建议：公司应如何应对？

1. 固定证据：保存工资发放记录、员工侵占财物的监控录像、证人证言等。
   
2. 内部调查：通过审计或询问相关人员，确认侵占事实及金额。
   
3. 法律程序：根据金额和情节选择民事诉讼或刑事报案，优先通过刑事报案施压，促使员工返还财物。
   
4. 完善制度：加强财务管理，如设置双人核对、定期审计等，避免类似事件再次发生。

若您遇到此类问题，可直接向我提供具体细节（如侵占金额、方式、公司制度等），我会进一步分析法律风险并给出解决方案。