执业药师兼主要负责人离职的麻烦程度，主要取决于其与公司之间的劳动合同约定、公司规章制度以及相关法律法规的遵循情况，具体分析如下：

1. 劳动合同与规章制度层面：

   • 劳动合同约定：如果执业药师兼主要负责人的劳动合同中明确规定了离职的程序、通知期限、竞业限制等条款，那么离职时必须严格遵守这些约定。违反合同约定可能导致违约责任，如支付违约金或赔偿公司损失。
   • 公司规章制度：公司内部可能制定了关于员工离职的具体规定，包括离职申请的提交、工作交接、离职手续的办理等。离职时需按照公司规章制度执行，以确保离职过程的顺利进行。

2. 工作交接与责任承担层面：

   • 工作交接：作为主要负责人，离职时需确保工作交接的完整性和准确性。这包括但不限于客户资料的移交、项目进展的汇报、团队管理的交接等。如果交接不清或遗漏重要信息，可能对公司造成损失，进而引发法律纠纷。
   • 责任承担：在离职前，需确保所有工作均得到妥善处理，避免因个人疏忽或故意行为给公司带来损失。如果离职后发现因个人原因导致公司受损，可能需承担相应的法律责任。

3. 竞业限制与保密义务层面：

   • 竞业限制：如果劳动合同或公司规章制度中规定了竞业限制条款，离职后需遵守这些条款，不得在与公司有竞争关系的单位工作或从事与公司有竞争关系的业务。违反竞业限制条款可能导致支付高额违约金。
   • 保密义务：作为执业药师兼主要负责人，可能掌握公司的商业秘密或敏感信息。离职后需继续履行保密义务，不得泄露公司机密。违反保密义务可能构成侵权，需承担法律责任。

4. 法律程序与手续层面：

   • 离职申请与审批：需按照公司规定的程序提交离职申请，并等待公司审批。如果公司拖延审批或拒绝审批，可能需通过法律途径解决。
   • 离职手续办理：离职时需办理一系列手续，如社保转移、公积金提取、工作证归还等。这些手续的办理可能涉及多个部门或机构，需耐心协调和处理。

建议与注意事项：

• 在离职前，务必仔细阅读劳动合同和公司规章制度，了解离职的具体要求和程序。
• 与公司进行充分沟通，确保工作交接的完整性和准确性，避免留下隐患。
• 如果涉及竞业限制或保密义务，需明确自己的权利和义务，避免违反相关规定。
• 在办理离职手续时，保留好相关证据和文件，以备不时之需。

如果离职过程中遇到任何法律问题或纠纷，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议和帮助。