结论：在借款协议约定由借款人所在地管辖，但借款人正在监狱服刑的情况下，管辖地的确定需分情况讨论，主要有以下两种处理方式。

1. 以借款人户籍地或经常居住地确定管辖
   根据《民事诉讼法》第二十二条，对被监禁或被采取强制性教育措施的人提起的民事诉讼，由原告住所地人民法院管辖；原告住所地与经常居住地不一致的，由原告经常居住地人民法院管辖。
   具体分析：
   

• 若借款人户籍地与协议约定的“借款人所在地”一致，但借款人因服刑无法实际参与诉讼，此时法律优先保护原告的诉讼便利性，允许原告在其住所地或经常居住地法院起诉。
  
• 若借款人服刑前有经常居住地（如连续居住满1年以上），且协议中约定的“借款人所在地”实际指向其经常居住地，则原告仍需在自身住所地或经常居住地法院起诉，而非借款人服刑地法院。
  

1. 协议管辖条款的效力问题
   虽然借款协议约定了管辖地，但根据《民事诉讼法》第三十五条，协议管辖不得违反级别管辖和专属管辖规定。当借款人被监禁时，其原住所地法院已因法律特别规定丧失管辖权，此时协议管辖条款可能因“客观履行不能”而被认定无效。
   例外情形：
   

• 若原告住所地或经常居住地与协议约定的管辖地重合（如借款人户籍地与原告住所地相同），则协议管辖仍可适用，但需结合具体案情判断。
  
• 若双方在诉讼中达成一致，同意由其他法院管辖，则可通过书面协议变更管辖地。
  

建议：

1. 优先在原告住所地或经常居住地法院起诉，并准备借款人户籍证明、服刑证明等材料，以证明协议管辖条款因法律特别规定无法适用。
   
2. 若协议中明确约定了“借款人所在地”为具体地址（如身份证地址），且该地址与原告住所地不一致，可尝试与对方协商变更管辖地，或直接向法院提交管辖权异议申请，由法院审查后裁定。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案情为您详细分析。