结论：是否扣钱需结合公司规章制度、劳动合同约定及地方性法规综合判断，不能一概而论。 以下从法律框架、实务操作、风险防范三个角度展开分析：
一、法律框架：用人单位的“罚款权”边界
根据《劳动合同法》第四条及《工资支付暂行规定》第十六条，用人单位对员工进行经济处罚需满足双重合法性：
- 制度合法性：公司规章制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会协商），并向员工公示或送达；
- 内容合法性：罚款金额不得超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
例外情形：若地方性法规明确禁止用人单位对迟到等轻微违纪行为罚款（如《江苏省工资支付条例》第六十四条），则公司无权扣钱。
二、实务操作：迟到1分钟扣钱的合理性分析
若公司制度明确规定“迟到1分钟扣XX元”：
- 需核查制度是否经过民主程序制定并公示；
- 需确认罚款金额是否符合比例原则（如迟到1分钟扣50元可能被认定为不合理）；
- 需检查扣除后工资是否低于最低标准。
若任一条件不满足，员工可主张返还罚款。
若公司制度未明确规定，但实际执行扣款：
- 属于单方变更劳动合同内容，员工可拒绝并要求按原工资发放；
- 若公司以“旷工”等理由变相扣款，需证明员工迟到导致实际损失（如客户流失、生产停滞），否则可能构成违法克扣工资。
若劳动合同约定“迟到扣款”：
- 约定需与规章制度一致，且不得违反法律强制性规定；
- 例如：合同约定“迟到1分钟扣当月奖金”，若奖金属于固定组成部分，可能被认定为变相罚款。
三、风险防范：员工与用人单位的应对建议
对员工：
- 保留考勤记录、工资条、扣款通知等证据；
- 优先通过内部申诉渠道解决，若未果可向劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁；
- 注意时效：劳动争议申请仲裁的时效为1年，自知道或应当知道权利被侵害之日起计算。
对用人单位：
- 制定规章制度时明确“迟到”的定义（如是否包含打卡后离岗）、扣款标准及上限；
- 优先通过“绩效扣分”“警告处分”等非经济手段管理，降低法律风险；
- 定期审计工资发放记录，避免因扣款导致工资低于最低标准。
提示：若您遇到具体扣款纠纷，可提供公司制度、劳动合同、扣款凭证等材料，我将进一步分析合法性并给出维权方案。