结论：请假一天从加班扣除是否合理，需根据具体情况判断，包括公司的规章制度、劳动合同的约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
一、公司规章制度与劳动合同的约定
公司规章制度：
- 如果公司的规章制度中明确规定了请假制度，并且说明了请假会如何影响加班工资或加班时间的计算，那么公司按照规章制度执行是合理的。
- 例如，规章制度可能规定，员工请假一天将扣除相应的加班时间或加班工资，这样的规定在合法且经过员工同意的情况下是有效的。
劳动合同的约定：
- 劳动合同是员工与公司之间约定双方权利和义务的法律文件。如果劳动合同中明确约定了请假与加班工资或加班时间的关系，那么公司按照劳动合同执行也是合理的。
- 例如，劳动合同可能规定，员工请假将不影响其已获得的加班工资，或者请假将按照一定比例扣除加班时间，这样的约定在合法且双方自愿的情况下是有效的。
二、相关法律法规的规定
加班工资的计算：
- 根据《劳动法》等相关法律法规，加班工资的计算通常基于员工的基本工资和加班时间。请假一天本身并不直接导致加班工资的扣除，除非请假影响了加班时间的计算或加班工资的支付条件。
- 如果公司因为员工请假一天而扣除其加班工资，且这种扣除没有法律依据或合同依据，那么这种做法可能是不合理的。
请假与工资支付：
- 请假通常会影响员工的正常工资支付，但不一定影响加班工资。加班工资是对员工超出正常工作时间工作的补偿，与请假导致的正常工作时间减少无直接关系。
- 如果公司因为员工请假而扣除其加班工资，且这种扣除与法律法规或劳动合同相悖，员工有权提出异议并寻求法律保护。
三、实际操作建议
查阅公司规章制度和劳动合同：
- 员工应首先查阅公司的规章制度和劳动合同，了解请假与加班工资或加班时间的具体约定。
与公司沟通协商：
- 如果员工认为公司的做法不合理，可以与公司进行沟通协商，寻求合理的解决方案。
寻求法律帮助：
- 如果沟通协商无果，员工可以寻求法律帮助，包括咨询专业律师或向劳动监察部门投诉等。
举例说明：假设某公司规章制度规定，员工请假一天将扣除相应的加班时间，且这种规定已经过员工同意并在劳动合同中明确约定。在这种情况下，公司因为员工请假一天而扣除其加班时间是合理的。但如果公司规章制度或劳动合同中没有这样的规定，且公司无法提供其他合法依据来支持其扣除加班工资的做法，那么这种做法可能是不合理的。
后续行动建议：如果你遇到了类似的情况，建议先查阅公司的规章制度和劳动合同，了解具体约定。如果认为公司的做法不合理，可以与公司进行沟通协商或寻求法律帮助。如果你有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。