核心结论：企业若要将综合工时制恢复为标准工时制而员工不执行，企业需依法履行民主协商程序、及时变更劳动合同并做好沟通解释工作；若员工仍不执行，企业可通过协商解除劳动合同或依法单方解除劳动合同（需符合法定条件），但需注意避免违法解除的风险。以下是具体分析：

1. 企业应依法履行民主协商程序
   根据《劳动合同法》第四条，企业变更工作时间制度（如从综合工时制恢复为标准工时制）属于涉及劳动者切身利益的重大事项，需经职工代表大会或全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或职工代表平等协商确定。若企业未履行此程序直接要求员工执行，员工有权拒绝，且企业可能面临行政处罚或劳动争议败诉风险。

2. 企业需及时变更劳动合同
   若民主协商程序通过，企业应与员工签订书面劳动合同变更协议，明确工时制度从综合工时制变更为标准工时制，并注明生效时间、工资计算方式等关键条款。若未变更合同，员工可主张原综合工时制继续有效，企业要求按标准工时制执行可能缺乏法律依据。

3. 员工不执行时的处理方式

   • 协商解除劳动合同：若员工明确拒绝变更工时制度，企业可与员工协商解除劳动合同，并依法支付经济补偿（按工作年限，每满一年支付一个月工资）。
     
   • 依法单方解除劳动合同：若员工拒绝变更且存在《劳动合同法》第三十九条规定的情形（如严重违反企业规章制度），企业可单方解除劳动合同且无需支付补偿。但需注意：
     
     • 企业规章制度需经民主程序制定并公示；
       
     • 员工行为需达到“严重”程度（如长期旷工、拒绝合理工作安排等）；
       
     • 企业需留存证据（如书面通知、员工签字确认等）。
       
   • 避免违法解除风险：若企业未履行民主协商程序、未变更劳动合同或无法证明员工存在过错，单方解除劳动合同可能被认定为违法解除，需支付赔偿金（经济补偿的两倍）。

4. 沟通解释与风险防范

   • 企业应向员工充分说明工时制度变更的原因（如业务调整、合规要求等），并听取员工意见，尽量通过沟通达成一致。
     
   • 若员工仍不接受，企业可考虑提供过渡方案（如逐步调整工作时间、调整薪酬结构等），降低员工抵触情绪。
     
   • 企业需确保变更后的工时制度符合《劳动法》第三十六条（标准工时制每日不超过8小时、每周不超过40小时）及第三十八条（保障劳动者休息权）的规定，避免因超时加班引发纠纷。

建议：企业若需变更工时制度，应提前规划并依法操作，避免因程序瑕疵或实体违法导致劳动争议。若员工不执行且协商无果，企业可结合具体情况选择合法解除方式，并咨询专业律师评估风险。如有进一步问题，可直接向我咨询。