结论：您可以申请赔偿，但具体能否获得赔偿以及赔偿的金额和方式，需要根据火灾的原因、责任归属以及您因此遭受的实际损失等多个因素来综合判断。以下是从不同角度为您进行的分析：
一、火灾原因与责任归属
如果火灾是由对方工厂的过错或故意行为引起：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。如果对方工厂存在过错，如违规操作、管理不善等，导致火灾蔓延至您的工厂，那么对方工厂应当对您的损失承担赔偿责任。
- 如果对方工厂是故意放火，那么除了民事赔偿外，还可能涉及刑事责任，您可以向公安机关报案，并同时提起民事诉讼要求赔偿。
如果火灾是由不可抗力或第三方原因引起：
- 如果火灾是由自然灾害（如雷击、地震等）或第三方行为（如路人乱扔烟蒂引发火灾）引起，且对方工厂没有过错，那么对方工厂可能不承担赔偿责任。但在此情况下，您可以考虑向保险公司索赔（如果您有购买相关保险），或者向实际引发火灾的责任方索赔。
如果火灾原因不明或双方都有责任：
- 如果火灾原因无法查明，或者双方都有一定的责任（如对方工厂存在一定过错，但您的工厂也存在安全隐患），那么赔偿问题可能会变得复杂。在这种情况下，可能需要通过法律程序来确定责任比例，并据此进行赔偿。
二、您的实际损失与赔偿范围
直接损失：
- 包括您工厂因火灾而遭受的财产损失，如设备、原材料、产品等。这些损失应当根据实际价值进行评估，并作为赔偿的依据。
间接损失：
- 包括因火灾导致的停业损失、员工工资支出、合同违约损失等。这些损失虽然不是直接由火灾造成的，但也是由于火灾而引发的，因此也可以考虑在赔偿范围内。但需要注意的是，间接损失的赔偿可能需要根据具体情况和法律规定来确定。
三、申请赔偿的途径与程序
协商和解：
- 在火灾发生后，您可以首先尝试与对方工厂进行协商和解，就赔偿问题达成一致意见。这种方式相对快捷、成本较低，但需要双方都有诚意和合作意愿。
调解或仲裁：
- 如果协商和解无果，您可以考虑向相关部门（如消防部门、行业协会等）申请调解，或者根据双方事先达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。调解和仲裁的结果通常具有法律效力，但也需要双方遵守和执行。
诉讼：
- 如果调解或仲裁也无法解决问题，您可以向人民法院提起诉讼，要求对方工厂承担赔偿责任。诉讼程序相对复杂、成本较高，但具有强制执行力，可以确保您的权益得到保障。
四、建议与注意事项
及时收集证据：
- 在火灾发生后，您应当及时收集相关证据，如火灾现场照片、视频、消防部门出具的火灾事故认定书、损失评估报告等。这些证据将有助于您证明火灾的原因、责任归属以及您的实际损失。
咨询专业律师：
- 由于劳动工伤（在此情境下更偏向于侵权赔偿）领域的法律问题较为复杂，建议您在处理此类问题时咨询专业律师的意见。律师可以根据您的具体情况和法律规定，为您提供专业的法律建议和帮助。不过，既然您已经向我咨询，我会尽我所能为您提供帮助。
注意诉讼时效：
- 根据《中华人民共和国民法典》的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。因此，您应当在知道或应当知道自己的权益受到侵害之日起三年内提起诉讼，否则可能会丧失胜诉权。
综上所述，您可以申请赔偿，但具体能否获得赔偿以及赔偿的金额和方式需要根据多个因素来综合判断。如果您在处理此类问题时遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询。