匿名举报公司没有支付加班费，让相关部门去调查并不违法。以下从几个方面为你详细分析：
一、举报行为的合法性
法律依据：根据《劳动保障监察条例》第九条，任何组织或者个人对违反劳动保障法律、法规或者规章的行为，有权向劳动保障行政部门举报。劳动者认为用人单位侵犯其劳动保障合法权益的，也有权向劳动保障行政部门投诉。这意味着，举报公司未支付加班费的行为是受到法律保护的。
匿名举报的效力：虽然匿名举报可能使得调查过程面临一些挑战，如难以直接联系举报人获取更多信息，但并不影响举报本身的合法性。劳动保障行政部门在接到举报后，会依法进行调查，并根据调查结果作出相应处理。
二、举报后的处理流程
调查阶段：劳动保障行政部门在接到举报后，会启动调查程序，包括查阅相关证据、询问相关人员等，以确定公司是否存在未支付加班费的行为。
处理阶段：如果调查证实公司确实存在未支付加班费的行为，劳动保障行政部门会依法责令公司限期支付加班费、经济补偿；逾期不支付的，还会责令公司按照应付金额50%以上100%以下的标准向劳动者加付赔偿金。
保密义务：劳动保障行政部门及其工作人员在处理举报案件时，有义务对举报人的信息保密，防止举报人受到打击报复。
三、举报人的权益保护
免受报复：举报人享有免受用人单位打击报复的权利。如果用人单位因举报行为对举报人进行打击报复，如降职、降薪、解雇等，举报人可以依法向劳动保障行政部门投诉，并寻求法律救济。
法律援助：如果举报人在举报过程中遇到法律难题或需要法律帮助，可以寻求专业律师的支持，以维护自己的合法权益。
四、建议与注意事项
保留证据：在举报前，建议举报人尽可能收集并保留相关证据，如加班记录、工资单、劳动合同等，以便在调查过程中提供有力支持。
合法举报：举报人应确保举报内容的真实性，避免恶意举报或虚假举报，以免承担相应的法律责任。
关注进展：举报后，举报人可以关注劳动保障行政部门的调查进展，并在必要时提供补充信息或协助调查。
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