在三期鉴定结果不被对方认可的情况下，法院的判定会基于鉴定程序的合法性、鉴定机构的资质、鉴定方法的科学性以及鉴定结论与案件事实的关联性等多个方面进行综合考量。以下是对此问题的详细分析：
一、鉴定程序的合法性
鉴定启动程序：法院会审查鉴定是否依法启动，包括是否经过当事人申请或法院依职权决定，以及是否履行了必要的告知和听证程序。如果鉴定程序存在违法情形，如未依法通知当事人参与鉴定过程，法院可能会不予采信鉴定结果。
鉴定机构选择：法院会确认鉴定机构是否具备相应的资质和条件，以及选择鉴定机构的过程是否公开、公正。如果鉴定机构选择不当或存在利益冲突，也会影响鉴定结果的采信。
二、鉴定机构的资质与鉴定人员的专业性
鉴定机构资质：法院会审查鉴定机构是否具备从事相关鉴定业务的资质和条件，包括是否经过相关部门的认证和许可。只有具备合法资质的鉴定机构出具的鉴定结果，才可能被法院采信。
鉴定人员专业性：法院会评估鉴定人员的专业背景和经验，以及他们是否具备进行相关鉴定的能力和资格。如果鉴定人员不具备相应的专业知识和技能，或者存在违反职业道德的行为，也会影响鉴定结果的可靠性。
三、鉴定方法的科学性与鉴定结论的合理性
鉴定方法科学性：法院会审查鉴定所采用的方法是否科学、合理，是否符合行业标准和规范。如果鉴定方法存在缺陷或不合理之处，可能会导致鉴定结果不准确或不可靠。
鉴定结论合理性：法院会结合案件事实和其他证据，对鉴定结论的合理性进行评估。如果鉴定结论与案件事实明显不符或存在矛盾之处，法院可能会不予采信。
四、对方不认可鉴定结果的应对策略
提出异议并申请重新鉴定：如果对方不认可鉴定结果，可以在法庭上提出异议，并申请重新鉴定。法院会根据具体情况决定是否准许重新鉴定。在申请重新鉴定时，需要提供充分的理由和证据，以证明原鉴定结果存在错误或不可靠之处。
提供其他证据支持己方观点：除了鉴定结果外，还可以提供其他证据来支持己方的观点。例如，可以提供现场照片、视频资料、证人证言等证据来证明案件事实。这些证据可以与鉴定结果相互印证，增强己方观点的可信度。
五、法院的最终判定
在综合考虑上述因素后，法院会作出最终判定。如果法院认为鉴定结果合法、科学、合理，且与其他证据相互印证，那么法院可能会采信鉴定结果，并据此作出判决。如果法院认为鉴定结果存在错误或不可靠之处，或者与其他证据存在矛盾之处，那么法院可能会不予采信鉴定结果，并要求重新鉴定或依据其他证据作出判决。
建议：在涉及三期鉴定等复杂法律问题时，建议及时咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况为你提供详细的法律分析和建议。