结论：工程合同中约定超出部分要交税是否合法，需根据具体税种、合同约定内容以及相关法律法规来判断。以下从不同角度进行分析：
一、从增值税角度分析
增值税的基本原理：
- 增值税是对商品和服务在流转过程中产生的增值部分征收的税。在建设工程领域，如果合同约定的超出部分属于应税服务或商品，且产生了增值，那么按照增值税法的规定，这部分增值是需要缴纳增值税的。
合同约定与增值税的关系：
- 如果工程合同中明确约定了超出部分需要缴纳增值税，且该约定不违反增值税法的相关规定（如税率、计税依据等），那么这种约定是合法的。因为合同双方作为平等的民事主体，有权在合同中约定税费的承担方式。
可能的法律后果：
- 如果合同约定超出部分需要缴纳增值税，但实际未缴纳或未足额缴纳，税务机关有权依法追缴税款，并可能加收滞纳金或罚款。
二、从其他税种角度分析
其他税种的可能性：
- 除了增值税外，建设工程还可能涉及企业所得税、个人所得税、城市维护建设税、教育费附加等税种。然而，这些税种通常不是直接针对合同超出部分征收的，而是根据企业的整体经营情况或个人的所得情况来征收。
合同约定与其他税种的关系：
- 对于其他税种，合同双方通常不会在合同中直接约定是否需要缴纳，而是根据税法规定和企业的实际情况来申报和缴纳。因此，如果合同中约定超出部分需要缴纳其他税种，这种约定可能缺乏明确的法律依据，需要谨慎对待。
三、从合同合法性角度分析
合同合法性的基本要求：
- 合同作为民事法律行为，必须遵守法律法规的强制性规定，不得损害国家、社会公共利益和第三人的合法权益。如果合同中的约定违反了这些基本要求，那么该约定是无效的。
合同约定超出部分交税的合法性判断：
- 如果合同中的约定符合税法的相关规定，且没有损害国家、社会公共利益和第三人的合法权益，那么这种约定是合法的。反之，如果约定违反了税法的强制性规定或损害了相关方的利益，那么这种约定是无效的。
四、建议与风险提示
建议：
- 在签订工程合同时，双方应明确约定税费承担方式，并确保约定内容符合税法的相关规定。如果可能的话，可以咨询专业税务机构或律师的意见，以确保合同的合法性和有效性。
风险提示：
- 如果合同中的约定存在模糊或不明确的地方，或者违反了税法的相关规定，那么双方可能面临税务风险、法律纠纷等不利后果。因此，在签订合同时务必谨慎对待税费承担方式的约定。
总结：工程合同中约定超出部分要交税是否合法，需根据具体税种、合同约定内容以及相关法律法规来判断。在签订合同时，双方应明确约定税费承担方式，并确保约定内容合法有效。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。