结论：公司跟员工签租车协议仅为了报税，这一行为本身并不直接决定其合法性，其合法性取决于协议的具体内容、签订目的及实施方式是否符合相关法律法规的规定。以下从多个角度进行分析：

一、协议内容合法性

1. 真实交易背景：若租车协议是基于真实的车辆租赁交易背景签订，即公司确实租赁了员工的车辆用于公司业务，且租金、租赁期限等条款均合理合法，那么该协议在内容上是合法的。此时，报税只是基于真实交易的一个后续行为，不影响协议的合法性。

2. 虚构交易背景：若租车协议并非基于真实的车辆租赁交易，而是公司为了规避税收、转移利润或其他非法目的而虚构的，那么该协议在内容上就是违法的。因为虚构交易以逃避税收等非法目的签订的合同，违反了法律法规的强制性规定，是无效的。

二、签订目的合法性

1. 合法报税目的：如果公司签订租车协议的目的是为了合法报税，即按照税法规定申报和缴纳相关税费，且协议内容真实反映了交易情况，那么这一目的是合法的。但需要注意的是，合法报税并不意味着可以通过虚构交易来降低税负。

2. 非法目的：如果公司签订租车协议的目的是为了逃避税收、转移资产或进行其他非法活动，那么这一目的就是违法的。根据《中华人民共和国合同法》（现《中华人民共和国民法典》合同编）的相关规定，以合法形式掩盖非法目的的合同是无效的。

三、实施方式合法性

1. 合规操作：在签订和执行租车协议过程中，如果公司遵守了相关法律法规的规定，如按时申报和缴纳税费、保留相关凭证等，那么其实施方式就是合法的。

2. 违规操作：如果公司在签订和执行租车协议过程中存在违规行为，如未按时申报和缴纳税费、伪造或变造相关凭证等，那么其实施方式就是违法的。这些行为不仅可能导致协议无效，还可能使公司面临税务处罚等法律风险。

四、法律后果

1. 协议无效：如果租车协议被认定为违法或无效，那么公司可能无法依据该协议进行报税或主张其他权益。同时，公司还可能面临税务机关的处罚和法律责任。

2. 法律责任：对于虚构交易以逃避税收等非法行为，税务机关有权依法进行税务稽查和处罚。根据情节的严重程度，公司可能面临罚款、滞纳金甚至刑事责任等法律后果。

建议：公司在签订租车协议时，应确保协议内容真实反映了交易情况，签订目的合法合规，并严格按照相关法律法规的规定进行操作。如有任何疑问或需要进一步的法律指导，请直接向我咨询。