公司跟员工签订的车辆租赁协议，在符合法定条件时是有效的。以下从多个角度分析该协议的有效性：

1. 协议主体资格
   公司作为法人主体，具备签订民事合同的资格；员工作为完全民事行为能力人，也有权签订租赁协议。若员工使用公司车辆进行租赁，需确认公司是否授权员工代为签订协议，否则可能因主体不适格导致协议效力瑕疵。

2. 协议内容合法性
   协议需明确租赁标的（车辆信息）、租赁期限、租金标准、支付方式、违约责任等核心条款。若协议内容违反法律强制性规定（如约定“租赁期间车辆所有权归承租方”），或涉及非法用途（如租赁车辆用于违法活动），则协议无效。

3. 形式要件
   根据《民法典》规定，租赁期限超过六个月的，应当采用书面形式。若未采用书面形式，可能被认定为不定期租赁，但不影响协议本身的效力。建议签订书面协议以明确双方权利义务。

4. 特殊情形

   • 车辆权属：若车辆实际归员工所有，但以公司名义出租，需确认公司是否有权处分该车辆（如员工是否将车辆挂靠在公司名下）。若公司无权处分，可能构成无权处分，但不影响承租方善意取得时的协议效力。
     
   • 税务合规：公司向员工租赁车辆需按“有形动产租赁”缴纳增值税，并开具发票。若未履行税务义务，可能面临税务处罚，但不影响协议民事效力。
     
   • 公车私用限制：若公司规章制度禁止员工私自出租公司车辆，员工违反规定签订的协议可能因违反内部规定而无效，但仅在公司内部产生效力，不影响对外与第三方的协议效力。

建议：签订协议前，双方应核实车辆权属、明确租赁用途，并确保协议内容合法合规。若涉及复杂情形（如车辆挂靠、税务筹划），可进一步向我咨询具体操作方案。